Enseignements
From silico.biotoul.fr
m (→Emploi du temps) |
m (→Supports de cours) |
||
Line 119: | Line 119: | ||
===='''Supports de cours'''==== | ===='''Supports de cours'''==== | ||
- | * CM1 Introduction à la bioinformatique | + | * CM1 [https://docs.google.com/presentation/d/1xisiy8Ks8C77lM1_VM6veAm7CEkA12FgZ0jqMg7MpLQ/edit?usp=sharing Introduction à la bioinformatique] |
* CM2 [[Media:LBioinfo.traitement.d.images.pdf|Traitement d'images]] | * CM2 [[Media:LBioinfo.traitement.d.images.pdf|Traitement d'images]] | ||
* CM3 Introduction aux bases de données [[Media:LBioinfo.systemes.d.information.pdf|PDF]] - [https://docs.google.com/presentation/d/16vyae4RwmjQEqX4EJkLAxCA8X2hIiLPF11FtEAL_QrE/edit?usp=sharing slides] | * CM3 Introduction aux bases de données [[Media:LBioinfo.systemes.d.information.pdf|PDF]] - [https://docs.google.com/presentation/d/16vyae4RwmjQEqX4EJkLAxCA8X2hIiLPF11FtEAL_QrE/edit?usp=sharing slides] |
Revision as of 11:13, 9 January 2023
Licence 2 et 3 Biologie
Bioinformatique - Option L2-L3 2B2M-BCP-BBE
- Espace Moodle : KSVB4AJU - Bioinformatique
Emploi du temps
Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris
EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique | |||
---|---|---|---|
CM | TD | TP | |
semaine 02 - 09/01 | 13h30-15h30 en U6-404 avec R. Barriot - Bioinfo générale | ||
semaine 03 - 16/01 | 13h30-15h30 en U6-404 avec F. Delavoie - Imagerie | 15h45-17h45 en 4TP2-M6 avec F. Delavoie | |
semaine 04 - 23/01 | 13h30-15h30 en U6-404 avec R. Barriot - Bases de Données | 15h45-17h45 en U6-404 avec R. Barriot | |
semaine 05 - 30/01 | 13h30-15h30 en 4TP2-M6 avec R. Barriot | ||
semaine 06 - 06/02 | 13h30-15h30 en U6-404 avec M. Bonhomme | 15h45-17h45 en U6-404 avec R. Barriot | |
semaine 07 - 13/02 | 13h30-15h30 en 4TP2-M6 avec M. Bonhomme | ||
semaine 08 - 20/02 | |||
semaine 09 - 27/02 | |||
semaine 10 - 06/03 | 13h30-15h30 Contrôle Partiel | ||
semaine 11 - 13/03 | 13h30-15h30 en U6-404 avec R. Barriot | ||
semaine 12 - 20/03 | 13h30-15h30 en 4TP2-M6 avec R. Barriot | ||
semaine 13 - 27/03 | 13h30-15h30 en U6-404 avec G. Fichant - Modélisation et Biologie des systèmes | ||
semaine 14 - 03/04 | 13h30-15h30 en U6-404 avec G. Fichant | 15h45-17h45 en 4TP2-M6 avec G. Fichant | |
semaine 15 - 10/04 | |||
semaine 16 - 17/04 | 13h30-15h30 Contrôle Terminal anticipé |
Supports de cours
- CM1 Introduction à la bioinformatique
- CM2 Traitement d'images
- CM3 Introduction aux bases de données PDF - slides
- CM4 Utilisation de l'information génétique en biologie
- CM5 Introduction à la bioinformatique des séquences
- CM5 Introduction à la biologie des système : initiation à la modélisation de réseaux de gènes
Sujets de TD/TP
- TP1 Traitement d'images
- TD1 Bases de données + diapos
- TP2 Bases de données
- TP3 Analyses statistiques des données (phénotypes, génotypes)
- TP4 Banques de données et analyse de séquences
- TD2 Transcriptomique. Sujet avec davantage de détails → Sujet détaillé et sa correction
- TP5 Modélisation d'un réseau de régulation
L3 BCP Bioanalyse (KSVA6ABU)
2022_2023 Planning des Enseignements
Toutes les informations relatives à l'UE de Bioanalyse sont également disponibles dans l'espace dédié sur Moodle
- Les CMs de Bioanalyse, au nombre de six, débuteront semaine 2 (9_13 Janvier 2023) sur des créneaux horaires particuliers, avec les deux premiers CMs en semaine 2. A savoir :
CM1 : Lundi 13H30 (CMB) Denjoy U1 et Mardi 15h45 (CMA), Denjoy U1
CM2 : Vendredi 10h05 (CMB) Le Chatelier 2A et Mercredi 15h45 (CMA) Denjoy U1
Les CMs suivants (CM3-CM6) auront lieu entre les semaines 3 et 6
CM3-CM6 : vendredi 10h05 (CMB), Le Chatelier 2A et mercredi 15h45 (CMA) Denjoy U1
- Les TPs, au nombre de cinq, se déroulent en salle informatique. Les quatre premiers TPs sont de 3h30 et le cinquième de 2h, donc attention aux horaires !
Veuillez respecter votre créneau de TP, compte tenu du nombre d'ordis par salle infos, merci
- Fichier du Planning 2022_2023 (salles et séries)
Planning Bioanalyse CMs et TPs L3 BCP 2022_2023 (mise a jour Janv 2023)
- Le CC aura surement lieu, le Jeudi de la semaine 8 à compter de 18h, dans un lieu restant à définir. Réservez vous le créneau horaire !
TPs en salle
- TP1 : Interrogation des banques de données
- TP2 : Alignement par paires
- TP3 : Analyse de séquences et biologie Moléculaire
- TP4 : BLAST, alignement multiple, signature protéique
- TP5 : Revisions
Licence Pro GeBAP
Schéma de sélection et productions de semences
- TP Analyse de QTL
L3 Biodiversité & Biologie Environementale (BEE)
Ingénierie du Végétal (KSVC5AEU)
Initiation à l'analyse de séquences biologiques
- TP1 : Interrogation des banques de données et alignement par paires
- TP2 : Alignement multiples et signatures protéiques
Master
Master 1
Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM
Traitement de données biologiques (KBVX7AH1)
Supports de cours :
Supports de TD/TP :
- TP1 - Introduction à R
- TP2 - Régression linéaire, probabilités, intervalles de confiance
- TP3 - Tests statistiques - 1
- TP4 - Tests statistiques - 2 (ANOVA)
- TP5 - ACP, analyses différentielles, clustering et caractérisation d'une liste de gènes
- Archives
- Contrôle continu de 2011 avec son corrigé CC 2011 et correction.zip
Liens
- Documentation
- Aide mémoire des commandes R
- Aide mémoire pour RMarkdown disponible depuis http://rmarkdown.rstudio.com et http://rmarkdown.rstudio.com/lesson-1.html
- RMarkdown un peu plus détaillé disponible aussi sur la page citée à la ligne précédente
- http://www.rdocumentation.org/ Toute l'aide des librairies R (avec recherche)
- Sites dédiés
- Site de R : http://www.r-project.org et sites miroirs (dont ceux en France) pour télécharger le logiciel et les librairies : https://cran.r-project.org/mirrors.html
- RStudio : https://www.rstudio.com ainsi que la version utilisable depuis un navigateur https://rstudio.cloud (nécessite un compte, qui peut être gratuit mais avec des capacités limitées)
- https://www.datacamp.com Apprendre R en ligne
- https://rdrr.io/snippets/ Utilisation de R depuis un navigateur
Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)
Support de cours:
- présentation de GEQ - M. Bonhomme
- introduction à GEQ - M. Bonhomme
- GE - Génétique des populations - M. Bonhomme
- GQ - Génétique-Quantitative - M. Bonhomme
- GQ - Cartographie génétique - M. Bonhomme
Supports de TD/TP :
- TD1 génétique des populations
- TP1 génétique des populations
- TD2 génétique quantitative
- TP2 génétique quantitative
- TD3 cartographie génétique
Génomique Evolutive et Phylogénie
Supports de TD/TP :
- TP Adaptation Moleculaire
- Données pour le TP:
Medicago SNPs sequences Drosophile sequences Primates lysozymes sequences
Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies
Evolution Moléculaire (EMBIA2EM)
Supports de cours :
- Introduction à l'évolution moléculaire
- Evolution moléculaire : définitions
- Modèles évolutifs
- Méthodes de reconstructions phylogénétiques
- Méthodes de reconstructions phylogénétiques (suite)
- Adaptation moléculaire
Support TP :
- tutorial TP1 et TP2
- manuel de ModelTest
- Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez S. pneumoniae
- Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD
Support TD :
Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes
- Diaporama réunion de rentrée Media:M1BBS.Accueil.Inscriptions.Pedagogiques.pdf
Bioinformatique pour la Génomique (KBIX7AB1)
Supports de cours :
- Introduction biologique (Gwennaele Fichant)
- Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)
- Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)
- Définition et identification des motifs et profils dans les séquences (cours de L3 Bioanalyse) (Gwennaele Fichant)
- Modèle de Markov Caché (HMM) (Gwennaele Fichant)
- Introduction aux alignements de génomes bactériens (Gwennaele Fichant)
Tutoriels de TP :
- Annotation d'un fragment génomique bactérien
- design d'un HMM pour prédire les promoteurs sigma A de B. subtilis
Projet annotation d'un fragment génomique à remettre au plus tard le lundi 6 janvier 2023
- Description du travail à réaliser dans le fichier ci-joint : description du projet
- Description du travail à réaliser pour les parsers dans le fichier ci-joint : description des parsers
- Annoter une des deux séquences fournies : séquence 1 ou séquence 2
- Exemple d'annotation au format EMBL
- Aide pour la réalisation du projet annotation
- Le logiciel artemis peut être téléchargé à partir de ce site http://sanger-pathogens.github.io/Artemis/Artemis/
- Une petite introduction à artemis : petite intro Artemis
- Petit guide de programmation en Perl
Mathématique pour la Biologie (KBIA7AI)
Sujets de TP :
Liens :
- http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
Références
- Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod
Traitement de graphes et réseaux biologiques (KBIA7AD)
Supports de cours
Supports de TD/TP:
- TP avec Roland Barriot Création de modules python (manipulation de graphes + Gene Ontology) et prise en main de igraph
- TP5 Recherche de communautés dans les graphes
Projets 2022-23
Supports de TP (archives)
- TP1 Visualisation et exploration de graphes
- TP4 Librairies R - Prise en main igraph
- TP Dessin de graphes et initiation à la librairie igraph
- TP1-2-3 Librairie python et parcours de graphes
Liens: Logiciels
- Cytoscape (et librairie pour l'analyse et la visualisaiton)
- Tulip librairie C/C++ pour le traitement et la visualisation de graphes
- Gephi
Librairies
- igraph R, python, ...
- NetworkX python
- graph-tool python
- Bioconductor/STRINGdb interface STRINGdb et R igraph
Serveurs & Banques
Formats
- Format GraphML http://graphml.graphdrawing.org/ et http://graphml.graphdrawing.org/primer/graphml-primer.html
Autres
- https://kateto.net/network-visualization Visu avec différents environnements et librairies
- Visualisation de l'algorithme Floyd-Warshall https://www.cs.usfca.edu/~galles/visualization/Floyd.html
- exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
- rosalind : apprentissage python en bioinformatique
Références
- Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
- Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
- An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
- Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
- Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105
Fouille de données (KBIA8AC)
Support de cours
- Introduction et Généralités
- Classification automatique
- Arbres de décision et forêts aléatoires
- Performances PDF
- Classification bayésienne PDF
- Analyse discriminante linéaire PDF
- Réseaux de neurones PDF
- k plus proches voisins PDF
- Classification - performances PDF
- Normalisation et mesures de distance PDF
- Clustering
- Rappels, généralités, méthodes : hiérarchique, k-means, k-médoïdes, spectral, affinity propagation, densité, ...
- Mesures d'évaluation et de comparaison
- Règles d'association
Sujets de TD/TP → TD Classification, validation croisée et clustering
Projet
- Description des données et diapos de présentation
- Données
- Projet GitLab → https://gitlab.com/rbarriot/datamining.abc
Liens
- http://www.kdnuggets.com/
- UCI KDD Archive (datasets)
- mloss (machine learning open source software) http://mloss.org
- Librairies et logiciels
- RapidMiner
- Knime
- weka
- Orange librairie python
- scikit-learn une autre librairie python
- Sequential Pattern Mining Framework open source Java implementation
- news
- 2022/03/07 on kdnuggets.com Build a Machine Learning Web App in 5 Minutes
Références
- Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
- GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.
- Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006
Master 1 - MEEF
Sciences de la Vie (EE7BSVFM)
Supports de TD :
Master 2
Master 2P Diagnostic moléculaire en microbiolgy
Supports de cours
- Annotation génomes bactériens (Gwennaele Fichant)
- Introduction à la reconstruction phylogénétique (Gwennaele Fichant)
Tutoriels de TP
- Analyse évolutive de la cascade de régulation de la compétence chez les Streptocoques
- seaview à télécharger pour Windows
- seaview à télécharger pour Linux
- Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez S. pneumoniae
Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes
Atelier système
Atelier Chipseq
Atelier Galaxy
UE Communication
liste des publications à présenter en préparation des ateliers:
Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s, sauf une de phylogénomique (cf. nombre étudiant(e)s par atelier) . La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de récupérer et de lire les supplementary data qui sont aussi importants pour la compréhension de l'article. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.
- Atelier Etude du métabolisme 4 étudiant(e)s
- Article 1 :
- Network-based prediction of human tissue-specific metabolism
- Supplementary information à récupérer sur https://www.nature.com/articles/nbt.1487#Sec12
- Article 2 :
- Article 1 :
- Atelier Structure de la chromatine 4 étudiant(e)s
- Article 1 :
- Article 2 :
- Atelier Phylogénomique 3 étudiant(e)s
- Atelier Modélisation 2 étudiant(e)s
- Article 1 :
Calendrier des présentations d'articles
EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent) | ||||
---|---|---|---|---|
mardi 4 octobre 10h-12h : | articles Atelier Etude du Métabolisme | article 1 : 10h-11h (Annabelle, Tiphaine) | article 2 : 11h-12h (Ilan, Coraline) | |
mercredi 5 octobre 10h-12h : | article Atelier Structure de la chromatine | article 1 : 10h-11h (Naomi, Gatepe) | article 2 : 11h-12h (Océane, Sandra) | |
mercredi 5 octobre 14h-16h30 : | articles Atelier Phylogénomique | article 1 : 14h-14h30 (Nassim) | article 2 : 14h30-15h30 (Sébastien, Martin) | |
article Modélisation | article 1 : 15h30-16h30 (Magdalena, Kory) | |||
Commentaires : 16h30-17h |
Gestion des données non structurées et applications post-génomiques (GDNS-AP)
GDNS-AP 1ère partie Karen Pinel-Sauvagnat et Gilles Hubert
Supports séance 1 :
Supports séance 2 :
Supports séance 3 :
Supports projet :
- Sujet du projet - A rendre par mail avant le 28/10 à Karen.sauvagnat@irit.fr et gilles.hubert@irit.fr
GDNS-AP 2ème partie Roland Barriot
Page dédiée → M2BBS GDNS-APG
Atelier Phylogénomique
Intervenants : Claire Hoede et Yves Quentin
Biologie des Systèmes - G. Czaplicki
Fichiers avec les codes :
Biologie des Systèmes - G. Fichant
Support de cours:
- Introduction to system biology
- Petit rappel enzymologie
- Complément rappel enzymologie
- Introduction to Petri net models
- Introduction to stochastic simulation
- Introduction parameter estimation
- Introduction to Piece-wise linear differential equation models
- System dynamic analyses
- Bref introduction au standard SBML
TP :
- Copasi user guide
- mnémo pour prise en main de Copasi plus simulation avec R
- Lien vers le site de Snoopy : https://www-dssz.informatik.tu-cottbus.de/DSSZ/Software/Snoopy
- TP1 : modeling of the psp response when cell envelop is damaged
- TP2 : modeling of the repressilator:
- TP3 : modeling phosphate regulation in enterobacteria:
- TP4 : modeling of the regulation of lactose operon :
Master 2 - Biologie Végétale
Biologie Computationnelle, Partie 1
Année 2022-2023
Retrouvez les supports de cours et les TPs sur le lien suivant
Culture
- Une histoire de tout ou presque... Bill Bryson, Payot, coll. "Petite Bibliothèque Payot" n° 851, 2012 (ISBN: 9782228907576)
- Norman Baillargeon - Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Éditions Lux, collection Instinct de Liberté, 2005. (ISBN: 2-895960-44-5)
- Faire l'économie de la haine, Alain Deneault, 2018, Ecosociete Eds, coll. Polemos
- Comment tout peut s'effondrer. Petit manuel de collapsologie à l'usage des générations présentes. 2015. Pablo Servigne, :Raphaël Stevens. seuil
- Les sentiers de l'utopie, I. Fremeaux et J. Jordan, 2012.
F.A.Q.
- Caractérisation d'un ensemble de gènes d'intérêt. Soit qu'ils sont différentiellement exprimés, soit qu'ils sont co-exprimés.
- Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0
Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2
R> chooseCRANmirror() R> install.packages('igraph')
- Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0
La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :
# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur) bash> su # puis les commandes ci-dessous (sans le "root>") root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte guest)