silico.biotoul.fr
 

Enseignements

From silico.biotoul.fr

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(→Master 2P Diagnostic moléculaire en microbiolgy)
 
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* Espace Moodle : [https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=5417 KSVB4AJU - Bioinformatique]
* Espace Moodle : [https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=5417 KSVB4AJU - Bioinformatique]
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===='''Emploi du temps'''====
===='''Emploi du temps'''====
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<!-- <big><big>'''Les groupes de TD et TP sont disponibles sur moodle : [https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=5417 https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=5417]'''</big></big> -->
<!-- <big><big>'''Les groupes de TD et TP sont disponibles sur moodle : [https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=5417 https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=5417]'''</big></big> -->
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{| class="wikitable"
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===='''Supports de cours'''====
===='''Supports de cours'''====
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* CM1 [https://docs.google.com/presentation/d/1xisiy8Ks8C77lM1_VM6veAm7CEkA12FgZ0jqMg7MpLQ/edit?usp=sharing Introduction à la bioinformatique]
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<!-- * CM1 [https://docs.google.com/presentation/d/1xisiy8Ks8C77lM1_VM6veAm7CEkA12FgZ0jqMg7MpLQ/edit?usp=sharing Introduction à la bioinformatique] -->
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* CM2 [[Media:LBioinfo.traitement.d.images.pdf|Traitement d'images]]
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<!-- * CM [[Media:LBioinfo.traitement.d.images.pdf|Traitement d'images]] -->
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* CM3 Introduction aux bases de données [[Media:LBioinfo.systemes.d.information.pdf|PDF]] - [https://docs.google.com/presentation/d/16vyae4RwmjQEqX4EJkLAxCA8X2hIiLPF11FtEAL_QrE/edit?usp=sharing slides]
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<!-- * CM3 Introduction aux bases de données [[Media:LBioinfo.systemes.d.information.pdf|PDF]] - [https://docs.google.com/presentation/d/16vyae4RwmjQEqX4EJkLAxCA8X2hIiLPF11FtEAL_QrE/edit?usp=sharing slides] -->
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* CM4 [[Media:L2_UE_Bioinfo_Genetics_2021.pdf|Utilisation de l'information génétique en biologie]]
+
* CM [[Media:L2_UE_Bioinfo_Genetics_2021.pdf|Utilisation de l'information génétique en biologie]]
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* CM5 [[Media:LBioinfo.bioseq.pdf|Introduction à la bioinformatique des séquences]]
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<!-- * CM5 [[Media:LBioinfo.bioseq.pdf|Introduction à la bioinformatique des séquences]] -->
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* CM5 [[Media:Intro_BioSyst_L2_2023.pdf|Introduction à la biologie des système : initiation à la modélisation de réseaux de gènes]]
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* CM [[Media:Intro_BioSyst_L2_2023.pdf|Introduction à la biologie des système : initiation à la modélisation de réseaux de gènes]]
===='''Sujets de TD/TP'''====
===='''Sujets de TD/TP'''====
-
* [[L2-L3 Bioinfo - TP Traitement d'images|TP1]] Traitement d'images
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<!-- * [[L2-L3 Bioinfo - TP Traitement d'images|TP1]] Traitement d'images -->
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* [[L2-L3 Bioinfo - TD Bases de donnees|TD1]] Bases de données + [https://docs.google.com/presentation/d/1h1EkcLglP7LJOoBCs0qvvRUi7g5FM_ijwxxoeAW8h-4/edit?usp=sharing diapos]
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<!--* [[L2-L3 Bioinfo - TD Bases de donnees|TD1]] Bases de données + [https://docs.google.com/presentation/d/1h1EkcLglP7LJOoBCs0qvvRUi7g5FM_ijwxxoeAW8h-4/edit?usp=sharing diapos]
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* [[L2-L3 Bioinfo - TP Bases de donnees|TP2]] Bases de données
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* [[L2-L3 Bioinfo - TP Bases de donnees|TP2]] Bases de données -->
* [[L2-L3 Bioinfo - TP Analyses statistiques des données (phénotypes,génotypes)|TP3]] Analyses statistiques des données (phénotypes, génotypes)
* [[L2-L3 Bioinfo - TP Analyses statistiques des données (phénotypes,génotypes)|TP3]] Analyses statistiques des données (phénotypes, génotypes)
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* [[L2-L3 Bioinfo - TP Banques de données et analyse de séquences|TP4]] Banques de données et analyse de séquences
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<!-- * [[L2-L3 Bioinfo - TP Banques de données et analyse de séquences|TP4]] Banques de données et analyse de séquences -->
* [[Media:L2-L3 Bioinfo - TD Transcriptomique.pdf|TD2]] Transcriptomique. Sujet avec davantage de détails → [[silico:enseignement/LBioinfo-TD-Transcriptome.html|Sujet détaillé]] et sa [[silico:enseignement/LBioinfo-TD-Transcriptome.correction.html|correction]]
* [[Media:L2-L3 Bioinfo - TD Transcriptomique.pdf|TD2]] Transcriptomique. Sujet avec davantage de détails → [[silico:enseignement/LBioinfo-TD-Transcriptome.html|Sujet détaillé]] et sa [[silico:enseignement/LBioinfo-TD-Transcriptome.correction.html|correction]]
* [[Media:TP_modelisation_regulation_fls2.pdf|TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
* [[Media:TP_modelisation_regulation_fls2.pdf|TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
<!--** [[Media:snoopy.7z|archive installation de snoopy]] -->
<!--** [[Media:snoopy.7z|archive installation de snoopy]] -->
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** [[Media:fls2_regulation_simplifie.spn|réseau de Petri stochastique pour la régulation de fls2]]  
** [[Media:fls2_regulation_simplifie.spn|réseau de Petri stochastique pour la régulation de fls2]]  
** [[Media:TP_regulation_fls2_2023.pdf|correction du TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
** [[Media:TP_regulation_fls2_2023.pdf|correction du TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
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* TP1 : [[TD1_Bioanalyse|Interrogation des banques de données]]
* TP1 : [[TD1_Bioanalyse|Interrogation des banques de données]]
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*  [[Media:TP1_L3.pdf|Correction TP1]]
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* TP2 : [[TD2_Bioanalyse|Alignement par paires]]
* TP2 : [[TD2_Bioanalyse|Alignement par paires]]
* TP3 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire|Analyse de séquences et biologie Moléculaire]]
* TP3 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire|Analyse de séquences et biologie Moléculaire]]
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<!-- *'''[[Media:Correction_TD2_Evolution_Moleculaire_2021.pdf|Correction du TD2 ]]'''-->
<!-- *'''[[Media:Correction_TD2_Evolution_Moleculaire_2021.pdf|Correction du TD2 ]]'''-->
* [[Media:TD3_Evolution Moléculaire_2021.pdf|TD3 Adaptation moléculaire ]]  
* [[Media:TD3_Evolution Moléculaire_2021.pdf|TD3 Adaptation moléculaire ]]  
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<!--* [[Media:TD3_Evolution_Moléculaire_correction.pdf|Correction du TD3 ]]-->
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* [[Media:TD3_Evolution_Moléculaire_correction.pdf|Correction du TD3 ]]
<!--'''Exemple CC corrigé : '''
<!--'''Exemple CC corrigé : '''
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<!-- * [[Media:Cours_Introduction_Jean_Phillipe_Galaud.pdf|Introduction génomique  (Jean-Philippe Galaud)]]-->
<!-- * [[Media:Cours_Introduction_Jean_Phillipe_Galaud.pdf|Introduction génomique  (Jean-Philippe Galaud)]]-->
-
* [[Media:Introduction_bio_annotation_2022.pdf|Introduction biologique  (Gwennaele Fichant)]]
+
* [[Media:Introduction_bio_annotation_2023.pdf|Introduction biologique  (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:Annotation1.pdf|Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:Annotation1.pdf|Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)]]
-
* [[Media:annotation2_2022_new.pdf|Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)]]
+
* [[Media:annotation2_2023.pdf|Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:motif_profil_2017.pdf|Définition et identification des motifs et profils dans les séquences (cours de L3 Bioanalyse) (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:motif_profil_2017.pdf|Définition et identification des motifs et profils dans les séquences (cours de L3 Bioanalyse) (Gwennaele Fichant)]]
-
* [[Media:HMM_2021.pdf|Modèle de Markov Caché (HMM) (Gwennaele Fichant)]]  
+
* [[Media:HMM_2023.pdf|Modèle de Markov Caché (HMM) (Gwennaele Fichant)]]  
* [[Media:cours-align_genome.pdf|Introduction aux alignements de génomes bactériens (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:cours-align_genome.pdf|Introduction aux alignements de génomes bactériens (Gwennaele Fichant)]]
'''Tutoriels de TP :'''
'''Tutoriels de TP :'''
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/Tutorial_annotation_v1_2023.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/Tutorial_annotation_v1_2023.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
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*[[Media:Correction_TP_annotation.pdf|Correction du TP annotation]]
<!-- *[[Media:correction_TP_annotation.pdf | '''Correction du TP d'annotation du fragment génomique bactérien''']]-->
<!-- *[[Media:correction_TP_annotation.pdf | '''Correction du TP d'annotation du fragment génomique bactérien''']]-->
<!--*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/summary_SignalP.pdf|Petite explication de SignalP]] -->
<!--*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/summary_SignalP.pdf|Petite explication de SignalP]] -->
-
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/TD_HMM_2017.html| design d'un HMM pour prédire les promoteurs sigma A de B. subtilis]]
+
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/TD_HMM_2023_silico.html| design d'un HMM pour prédire les promoteurs sigma A de B. subtilis]]
-
**[[Media:SHOW.tar.gz|archive compressée de SHOW à télécharger]]
+
**archives compressées de SHOW à télécharger
-
**[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/seq.tar.gz|archive des séquences compressée]]
+
***[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/SHOW_FEDORA_ETUDIANT.tar.gz|SHOW pour fedora]]
-
** [[Media:memo_Perl.docx|Petit guide de programmation en Perl]]
+
***[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/SHOW_DEBIAN_ETUDIANT.tar.gz|SHOW pour debian]]
 +
**[[Media:template_sigma_model.txt| Template pour réaliser le modèle dans la syntxte de SHOW]]
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<!--**archive des séquences à télécharger
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***[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/seq.tar.gz|séquences compressée]] -->
<!-- *to download: [[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/show_saba.tar.gz| show_saba.tar.gz]] -->
<!-- *to download: [[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/show_saba.tar.gz| show_saba.tar.gz]] -->
<!--*[[Media:Complement_TD_HMM.pdf|Complément d'information pour réaliser le TD de design du HMM ]]-->
<!--*[[Media:Complement_TD_HMM.pdf|Complément d'information pour réaliser le TD de design du HMM ]]-->
-
<!--
+
 
-
'''Projet annotation''' d'un fragment génomique à remettre au plus tard '''le lundi 6 janvier 2023'''  
+
'''Projet annotation''' d'un fragment génomique à remettre au plus tard '''le vendredi 22 décembre'''  
-
* '''Description du travail à réaliser dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Projet_2022.docx|description du projet]]
+
* '''Description du travail à réaliser dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Projet_annotation_2023_24.docx|description du projet]]
-
* '''Description du travail à réaliser pour les parsers dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Description_parsers_2022.docx|description des parsers]]
+
* '''Description du travail à réaliser pour les parsers dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Description_parsers_2023-24.docx|description des parsers]]
-
* '''Annoter une des deux séquences fournies''' : [[Media:seq1_Llac.txt|séquence 1]] ou [[Media:seq2_Bina.txt|séquence 2]]
+
* '''Annoter une des deux séquences fournies''' : [[Media:seq1-5404.txt|séquence 1]] ou [[Media:seq2-7490.txt|séquence 2]]
-
* [[Media:exemple_annotation_EMBL.txt|Exemple d'annotation au format EMBL]]
+
-
* '''Aide pour la réalisation du projet annotation'''
+
-
**Le logiciel artemis peut être téléchargé à partir de ce site http://sanger-pathogens.github.io/Artemis/Artemis/
+
-
** Une petite introduction à artemis : [[Media:Artemis.docx|petite intro Artemis]]  
+
** [[Media:memo_Perl.docx|Petit guide de programmation en Perl]]
** [[Media:memo_Perl.docx|Petit guide de programmation en Perl]]
 +
** [[Media:regles-pseudocodes.pdf|règles d’écriture en pseudo-code les plus usuelles]]
 +
<!--* '''Aide pour la réalisation du projet annotation'''
 +
**Le logiciel artemis peut être téléchargé à partir de ce site http://sanger-pathogens.github.io/Artemis/Artemis/
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** Une petite introduction à artemis : [[Media:Artemis.docx|petite intro Artemis]]-->
<!--*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/memo_Perl.html|Petit guide de programmation en Perl]]
<!--*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/memo_Perl.html|Petit guide de programmation en Perl]]
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==== Traitement de graphes et réseaux biologiques (KBIA7AD) ====
==== Traitement de graphes et réseaux biologiques (KBIA7AD) ====
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Espace moodle (inscription obligatoire) : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=7647
'''Supports de cours'''
'''Supports de cours'''
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'''Projets 2022-23'''
+
'''Projets 2023-24'''
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Sujet disponible sur [https://moodle.univ-tlse3.fr/mod/assign/view.php?id=422131 moodle].
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Fichiers de départs à compléter disponibles sur [https://src.koda.cnrs.fr/roland.barriot/mbioinfo.graph.project/-/tree/main gitlab].
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* [[M1 BBS Graphes - Projets|Enoncé du projet]]
* [[M1 BBS Graphes - Projets|Enoncé du projet]]
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* [[M1 BBS Graphes TP Dessin et Introduction iGraph|TP]] Dessin de graphes et initiation à la librairie igraph
* [[M1 BBS Graphes TP Dessin et Introduction iGraph|TP]] Dessin de graphes et initiation à la librairie igraph
* [[M1 BBS Graphes TP Librairie - Parcours de graphes|TP1-2-3]] Librairie python et parcours de graphes
* [[M1 BBS Graphes TP Librairie - Parcours de graphes|TP1-2-3]] Librairie python et parcours de graphes
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'''Liens:'''
'''Liens:'''
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==== Fouille de données (KBIA8AC) ====
==== Fouille de données (KBIA8AC) ====
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Espace '''moodle''' : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=7659
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'''Support de cours'''
'''Support de cours'''
* [https://docs.google.com/presentation/d/1Puw0_1hjDDZZOo4oNQmYiASrTM04KF6tsz2rO8Mkt1s/edit?usp=sharing Introduction et Généralités]
* [https://docs.google.com/presentation/d/1Puw0_1hjDDZZOo4oNQmYiASrTM04KF6tsz2rO8Mkt1s/edit?usp=sharing Introduction et Généralités]
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** Rappels, généralités, méthodes : hiérarchique, k-means, k-médoïdes, spectral, affinity propagation, densité, ...
** Rappels, généralités, méthodes : hiérarchique, k-means, k-médoïdes, spectral, affinity propagation, densité, ...
** Mesures d'évaluation et de comparaison
** Mesures d'évaluation et de comparaison
-
* [https://docs.google.com/presentation/d/1FANYbjIcad0E26reb-mEQ3QWccgqzIwlHZDAQoZ95bs/edit?usp=sharing Règles d'association] <!--[[Media:Data Mining - Regles d Association.pdf|Règles d'association]]-->
+
* [https://docs.google.com/presentation/d/1FANYbjIcad0E26reb-mEQ3QWccgqzIwlHZDAQoZ95bs/edit?usp=sharing Règles d'association] <!--[[Media:Data Mining - Regles d Association.pdf|Règles d'association]]
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-
'''Projet'''
+
 
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'''Projet 2022-23'''
* [[silico:enseignement/m1/datamining/projet/DataMining.ABC.Presentation.des.donnees.html|Description des données]] et [https://docs.google.com/presentation/d/158SeOGoGEgRE-wVr7RTnHPzhRFEGiQCOCw5FaZJhSQ0/edit?usp=sharing diapos] de présentation
* [[silico:enseignement/m1/datamining/projet/DataMining.ABC.Presentation.des.donnees.html|Description des données]] et [https://docs.google.com/presentation/d/158SeOGoGEgRE-wVr7RTnHPzhRFEGiQCOCw5FaZJhSQ0/edit?usp=sharing diapos] de présentation
* [[silico:enseignement/m1/datamining/projet/data/|Données]]
* [[silico:enseignement/m1/datamining/projet/data/|Données]]
Line 886: Line 912:
* ''GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists'', Carmona-Saez ''et al.'', Genome Biology, 2007.
* ''GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists'', Carmona-Saez ''et al.'', Genome Biology, 2007.
* Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006
* Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006
 +
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=== Master 1 - MEEF ===
=== Master 1 - MEEF ===
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=====Tutoriels de TP=====
=====Tutoriels de TP=====
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/Tutorial_annotation_v1_2023.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/Tutorial_annotation_v1_2023.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
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*[[Media:Correction_TP_annotation.pdf|Correction du TP annotation]]
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/index.html|Analyse évolutive de la cascade de régulation de la compétence chez les Streptocoques]]
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/index.html|Analyse évolutive de la cascade de régulation de la compétence chez les Streptocoques]]
Line 1,130: Line 1,158:
*'''TP1 : modeling of the psp response when cell envelop  is damaged'''
*'''TP1 : modeling of the psp response when cell envelop  is damaged'''
** [[Media:TP_psp_response.pdf|Short description the biological process]]
** [[Media:TP_psp_response.pdf|Short description the biological process]]
-
** [[Media:Modele_psp_extended_PN_2021.xpn|Modèle corrigé du réseau qualitatif]]  
+
** [[Media:Modele_psp_extended_PN_2021.xpn|Modèle corrigé du réseau qualitatif]]
-
<!-- ** [[Media:Modele_psp_save_essai_2019_modif_constante.spn|Modèle corrigé du réseau stochastique]] -->
+
** [[Media:Modele_psp_save_essai_2019_modif_constante.spn|Modèle corrigé du réseau stochastique]]  
<!-- ** [[Media:constante_stochastic_2017-18.png|constantes stochastiques]]
<!-- ** [[Media:constante_stochastic_2017-18.png|constantes stochastiques]]
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** [[Media:tp_repressilator_2020.pdf|Short description of the repressilator regulation]]
** [[Media:tp_repressilator_2020.pdf|Short description of the repressilator regulation]]
** [[Media:repressilator_continu_2018_time_serie_500.csv|protein time series data]]
** [[Media:repressilator_continu_2018_time_serie_500.csv|protein time series data]]
-
<!-- ** [[Media:repressilator_stochastique_2019.spn|Modèle corrigé du réseau stochastique]] -->
+
** [[Media:repressilator_stochastique_2019.spn|Modèle corrigé du réseau stochastique]]
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<!--** [[Media:repressilator_continu_2020.cpn|Modèle corrigé du réseau continu avec Snoopy]]
+
**[[Media:repressilator_continu_2020.cpn|Modèle corrigé du réseau continu avec Snoopy]]
** [[Media:repressilator_prot.cps|Modèle corrigé Copasi]]  
** [[Media:repressilator_prot.cps|Modèle corrigé Copasi]]  
** [[Media:repressilator.Rmd|script R pour intégration ODE]]-->
** [[Media:repressilator.Rmd|script R pour intégration ODE]]-->
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<!-- ** [[Media:constante_stochastique.png|stochastic constant file]]
<!-- ** [[Media:constante_stochastique.png|stochastic constant file]]
** [[Media:constante_continu.png|ODE parameter file]] -->
** [[Media:constante_continu.png|ODE parameter file]] -->
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*'''TP3 : modeling phosphate regulation in enterobacteria:'''
*'''TP3 : modeling phosphate regulation in enterobacteria:'''
** [[Media:TP_phosphate_new_2018.pdf|Short biological description of the phosphate regulation]]
** [[Media:TP_phosphate_new_2018.pdf|Short biological description of the phosphate regulation]]
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** [[Media:PN_extended_phosphate_2021.xpn|Modèle corrigé du réseau qualitatif]]
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** [[Media:Modele_stochastique_switch.spn|Modèle corrigé du réseau stochastique]]
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<!-- ** [[Media:PN_extended_phosphate.xpn| Modèle corrigé du réseau qualitatif]]
<!-- ** [[Media:PN_extended_phosphate.xpn| Modèle corrigé du réseau qualitatif]]
** [[Media:Modele_stochastique_switch.spn|Modèle corrigé du réseau stochastique]] -->
** [[Media:Modele_stochastique_switch.spn|Modèle corrigé du réseau stochastique]] -->
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*'''TP4 : modeling of the regulation of lactose operon :'''
*'''TP4 : modeling of the regulation of lactose operon :'''
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** [[Media:operon_lactose_description_2018.pdf|'''TP à rendre''' Short biological description of the lactose operon regulation]]
+
** [[Media:operon_lactose_description_2018.pdf|'''TP à rendre''' Short biological description of the lactose operon regulation]]  
<!--** [[Media:operon_lac_2018_last.spn|'''Modèle stochastique corrigé''']]
<!--** [[Media:operon_lac_2018_last.spn|'''Modèle stochastique corrigé''']]
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-->
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<!--
= Culture =
= Culture =
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Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte <tt>guest</tt>)
Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte <tt>guest</tt>)
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-->
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= mamba =
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 +
Documentation : https://mamba.readthedocs.io/en/latest/installation.html
 +
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Download
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curl -L -O "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh"
 +
 +
Run
 +
sh Mambaforge-Linux-x86_64.sh
 +
 +
Do you accept the license terms? [yes|no]
 +
[no] >>> yes
 +
 +
Mambaforge will now be installed into this location:
 +
/home/guest/mambaforge
 +
 +
  - Press ENTER to confirm the location
 +
  - Press CTRL-C to abort the installation
 +
  - Or specify a different location below
 +
 +
[/home/guest/mambaforge] >>> 
 +
 +
Do you wish the installer to initialize Mambaforge
 +
by running conda init? [yes|no]
 +
[no] >>> yes
 +
 +
'''Ouvrir un nouveau terminal/shell'''
 +
 +
Channels
 +
conda config --add channels bioconda
 +
 +
Plus d'info sur https://src.koda.cnrs.fr/roland.barriot/mbioinfo.workstation.setup#environnements-avec-mamba-ou-conda

Current revision as of 17:22, 28 March 2024


Contents

Licence 2 et 3 Biologie

Bioinformatique - Option L2-L3 2B2M-BCP-BBE


Emploi du temps

Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris



Supports de cours

Sujets de TD/TP

L3 BCP Bioanalyse (KSVA6ABU)

2022_2023 Planning des Enseignements

Toutes les informations relatives à l'UE de Bioanalyse sont également disponibles dans l'espace dédié sur Moodle

  • Les CMs de Bioanalyse, au nombre de six, débuteront semaine 2 (9_13 Janvier 2023) sur des créneaux horaires particuliers, avec les deux premiers CMs en semaine 2. A savoir  : 
       CM1 : Lundi 13H30 (CMB) Denjoy U1 et Mardi 15h45 (CMA), Denjoy U1  

       CM2 : Vendredi 10h05 (CMB) Le Chatelier 2A et Mercredi 15h45 (CMA) Denjoy U1

Les CMs suivants (CM3-CM6) auront lieu entre les semaines 3 et 6 

       CM3-CM6 : vendredi 10h05 (CMB), Le Chatelier 2A et mercredi 15h45 (CMA) Denjoy U1
  • Les TPs, au nombre de cinq, se déroulent en salle informatique. Les quatre premiers TPs sont de 3h30 et le cinquième de 2h, donc attention aux horaires !

Veuillez respecter votre créneau de TP, compte tenu du nombre d'ordis par salle infos, merci

  • Fichier du Planning 2022_2023 (salles et séries)

Planning Bioanalyse CMs et TPs L3 BCP 2022_2023 (mise a jour Janv 2023)

  • Le CC aura surement lieu, le Jeudi de la semaine 8 à compter de 18h, dans un lieu restant à définir. Réservez vous le créneau horaire !



TPs en salle


Licence Pro GeBAP

Schéma de sélection et productions de semences

  • TP Analyse de QTL

L3 Biodiversité & Biologie Environementale (BEE)

Ingénierie du Végétal (KSVC5AEU)

Initiation à l'analyse de séquences biologiques


Master

Master 1 - Biotechnologies

Evolution Moléculaire (KBTD8AGU)

Supports de cours :


Support TP :


Support TD :

Master 1

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM

Traitement de données biologiques (KBVX7AH1)

Supports de cours :

Supports de TD/TP :


Liens

Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)

Support de cours:

Supports de TD/TP :

Génomique Evolutive et Phylogénie

Supports de TD/TP : 

Medicago SNPs sequences
Drosophile sequences
Primates lysozymes sequences

Master 1 - Bioinformatique parcours Biologie des Systèmes + Bioinformatique et Génomique Environnementale

Evolution Moléculaire (KBIA8ABU - KBIB8ABU)

Supports de cours :


Support TP :


Support TD :


Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes


Bioinformatique pour la Génomique (KBIX7AB1)

Supports de cours :

Tutoriels de TP :


Projet annotation d'un fragment génomique à remettre au plus tard le vendredi 22 décembre



Mathématique pour la Biologie (KBIA7AI)

Sujets de TP :

  • TP Matrices PAM
  • TP ACP
  • TP Modélisation


Liens :

  • http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)

Références

  • Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod





Traitement de graphes et réseaux biologiques (KBIA7AD)

Espace moodle (inscription obligatoire) : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=7647

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TP avec Roland Barriot Création de modules python (manipulation de graphes + Gene Ontology) et prise en main de igraph
  • TP5 Recherche de communautés dans les graphes


Projets 2023-24

Sujet disponible sur moodle.

Fichiers de départs à compléter disponibles sur gitlab.


Liens: Logiciels

Librairies

Serveurs & Banques

Formats

Autres

Références

  • Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
  • Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
  • An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
  • Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
  • Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105


Fouille de données (KBIA8AC)

Espace moodle : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=7659


Master 1 - MEEF

Sciences de la Vie (EE7BSVFM)

Supports de TD :


Master 2

Master 2 Microbiologie

Supports de cours
Tutoriels de TP


Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Atelier système

Atelier Chipseq

Atelier Galaxy

UE Communication

liste des publications à présenter en préparation des ateliers:

Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de récupérer et de lire les supplementary data qui sont aussi importants pour la compréhension de l'article. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.


Calendrier des présentations d'articles
EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent)
lundi 16 octobre 9h30-10h30 : articles Atelier Etude du Métabolisme article 1 : Jean et Etienne
lundi 16 octobre 10h30-12h45: article Atelier Structure de la chromatine article 1 : 10h30-11h30 : Julie et Catherine article 2 : 11h45-12h45 : Claire et Moussa
lundi 16 octobre 14h30-16h30 : articles Atelier Phylogénomique article 2 : 14h30-15h30 : Margaux et Han article 2 : 15h30-16h30 : Pricilla et Youssef
Commentaires éventuels : 16h30-17h


Gestion des données non structurées et applications post-génomiques (GDNS-AP)

Se référer à l'espace moodle


Atelier Phylogénomique

Intervenants : Claire Hoede et Yves Quentin

Atelier de Phylogénomique


Biologie des Systèmes - G. Czaplicki

Fichiers avec les codes :

Biologie des Systèmes - G. Fichant

Support de cours:


TP :






Master 2 - Biologie des Plantes et Microorganismes Associés (BPMA)

Biologie Computationnelle

Année 2023-2024

Examen : partie 'E. Maza'


Donnees

Reponses a adresser par mail à

elie.maza@toulouse.inp.fr

elodie.gaulin@univ-tlse3.fr


Examen : partie E. Gaulin / C. Mathe - Sujet Bioanalyse, sur papier en salle


Retrouvez les supports de cours et les TPs sur le lien suivant


mamba

Documentation : https://mamba.readthedocs.io/en/latest/installation.html

Download 

curl -L -O "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh"

Run 

sh Mambaforge-Linux-x86_64.sh 

Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>> yes 

Mambaforge will now be installed into this location:
/home/guest/mambaforge

  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below 

[/home/guest/mambaforge] >>>  

Do you wish the installer to initialize Mambaforge
by running conda init? [yes|no]
[no] >>> yes

Ouvrir un nouveau terminal/shell

Channels 

conda config --add channels bioconda

Plus d'info sur https://src.koda.cnrs.fr/roland.barriot/mbioinfo.workstation.setup#environnements-avec-mamba-ou-conda

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