http://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=TD4_Bioanalyse&feed=atom&action=historyTD4 Bioanalyse - Revision history2024-03-29T07:24:38ZRevision history for this page on the wikiMediaWiki 1.15.1http://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=TD4_Bioanalyse&diff=9995&oldid=prevGaulin: /* Exercice 4 : Alignement multiple et construction d'une signature protéique */2023-02-05T21:09:19Z<p><span class="autocomment">Exercice 4 : Alignement multiple et construction d'une signature protéique</span></p>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 21:09, 5 February 2023</td>
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<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 118:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 118:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''BONUS pour ceux qui ont encore du temps :''' <br></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''BONUS pour ceux qui ont encore du temps :''' <br></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>'''7/''' Pour finir, vous pouvez générer un arbre phylogénétique de vos séquences : aller sur sur le site [<del class="diffchange diffchange-inline">http</del>://<del class="diffchange diffchange-inline">www.phylogeny</del>.fr/ '''Phylogeny'''] dans '''''Phylogeny Analysis''''' => "A la carte" : cocher Gblocks, FastME et Newick Display puis cliquer sur Create workflow. Coller votre '''alignement multiple'''. Vous pouvez aussi utiliser le mode "One click" et mettre directement les séquences non alignées en format Fasta.<br></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>'''7/''' Pour finir, vous pouvez générer un arbre phylogénétique de vos séquences : aller sur sur le site [<ins class="diffchange diffchange-inline">https</ins>://<ins class="diffchange diffchange-inline">ngphylogeny</ins>.fr/ '''Phylogeny'''] dans '''''Phylogeny Analysis''''' => "A la carte" : cocher Gblocks, FastME et Newick Display puis cliquer sur Create workflow. Coller votre '''alignement multiple'''. Vous pouvez aussi utiliser le mode "One click" et mettre directement les séquences non alignées en format Fasta.<br></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Essayer de comprendre l'histoire de cette famille et de voir les nœuds de spéciation et de duplication.<br></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Essayer de comprendre l'histoire de cette famille et de voir les nœuds de spéciation et de duplication.<br></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 17:44, 5 February 2023</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 118:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 118:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''BONUS pour ceux qui ont encore du temps :''' <br></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''BONUS pour ceux qui ont encore du temps :''' <br></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>'''7/''' Pour finir, vous pouvez générer un arbre phylogénétique de vos séquences : aller sur sur le site [http://www.phylogeny.fr/ '''Phylogeny'''] dans '''''Phylogeny Analysis''''' => "<del class="diffchange diffchange-inline">Advanced</del>" : <del class="diffchange diffchange-inline">décocher la case Multiple alignment et celle </del>Gblocks, et cliquer sur Create workflow. Coller votre '''alignement multiple'''. Vous pouvez aussi utiliser le mode "One click" et mettre directement les séquences non alignées en format Fasta <del class="diffchange diffchange-inline">(là aussi décocher Gblocks)</del>.<br></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>'''7/''' Pour finir, vous pouvez générer un arbre phylogénétique de vos séquences : aller sur sur le site [http://www.phylogeny.fr/ '''Phylogeny'''] dans '''''Phylogeny Analysis''''' => "<ins class="diffchange diffchange-inline">A la carte</ins>" : <ins class="diffchange diffchange-inline">cocher </ins>Gblocks, <ins class="diffchange diffchange-inline">FastME </ins>et <ins class="diffchange diffchange-inline">Newick Display puis </ins>cliquer sur Create workflow. Coller votre '''alignement multiple'''. Vous pouvez aussi utiliser le mode "One click" et mettre directement les séquences non alignées en format Fasta.<br></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Essayer de comprendre l'histoire de cette famille et de voir les nœuds de spéciation et de duplication.<br></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Essayer de comprendre l'histoire de cette famille et de voir les nœuds de spéciation et de duplication.<br></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
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</table>Gaulinhttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=TD4_Bioanalyse&diff=9609&oldid=prevGaulin: /* Exercice 1 : recherche d'homologues avec BlastN */2022-11-25T17:00:22Z<p><span class="autocomment">Exercice 1 : recherche d'homologues avec BlastN</span></p>
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<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 17:00, 25 November 2022</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 34:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 34:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''4/''' Des alignements avec des E-value >1 vous semblent-ils être de bons alignements ?</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''4/''' Des alignements avec des E-value >1 vous semblent-ils être de bons alignements ?</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>'''5/''' Lancer un BLASTX toujours sur le même organisme et contre le banque nr</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>'''5/''' Lancer un BLASTX toujours sur le même organisme et contre le banque nr <ins class="diffchange diffchange-inline">: intérêt(s) de BLASTX ?</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>''En fait, on travaillera plutôt au niveau protéique pour chercher des homologues, pour les raisons déjà vues au TP2 (conservation uniquement des CDS, pas sur les UTR, pas de problème de variation d'usage des codons donc taux d'identité plus élevé, et notion de similarité des acides aminés). Ici on connait la protéine donc mieux vaut faire un BLASTP qu'un BLASTX''</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>''En fait, on travaillera plutôt au niveau protéique pour chercher des homologues, pour les raisons déjà vues au TP2 (conservation uniquement des CDS, pas sur les UTR, pas de problème de variation d'usage des codons donc taux d'identité plus élevé, et notion de similarité des acides aminés). Ici on connait la protéine donc mieux vaut faire un BLASTP qu'un BLASTX''</div></td></tr>
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</table>Gaulinhttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=TD4_Bioanalyse&diff=9605&oldid=prevGaulin: /* Annexes */2022-11-25T16:41:38Z<p><span class="autocomment">Annexes</span></p>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 16:41, 25 November 2022</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 129:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 129:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>--></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>--></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>[http://snp.toulouse.inra.fr/~mathe/L3/TP4/ScanProsite.htm ScanProsite contre TrEMBL]<br></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>[http://snp.toulouse.inra.fr/~mathe/L3/TP4/ScanProsite.htm ScanProsite contre TrEMBL]<br></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">[http://snp.toulouse.inra.fr/~mathe/L3/TP4/phylo_tree.png Arbre phylogénétique]<br></ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"><!--ancienne version</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>[http://snp.toulouse.inra.fr/~mathe/L3/TP4/tree.JPG Arbre phylogénétique]<br></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>[http://snp.toulouse.inra.fr/~mathe/L3/TP4/tree.JPG Arbre phylogénétique]<br></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">--></ins></div></td></tr>
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</table>Gaulinhttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=TD4_Bioanalyse&diff=9604&oldid=prevGaulin: /* Exercice 1 : recherche d'homologues avec BlastN */2022-11-25T16:27:01Z<p><span class="autocomment">Exercice 1 : recherche d'homologues avec BlastN</span></p>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 16:27, 25 November 2022</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 33:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 33:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''4/''' Des alignements avec des E-value >1 vous semblent-ils être de bons alignements ?</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''4/''' Des alignements avec des E-value >1 vous semblent-ils être de bons alignements ?</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"></del></div></td><td colspan="2"> </td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">''En fait, on travaillera plutôt au niveau protéique pour chercher des homologues, pour les raisons déjà vues au TP2 (conservation uniquement des CDS, pas sur les UTR, pas de problème de variation d'usage des codons donc taux d'identité plus élevé, et notion de similarité des acides aminés)''</del></div></td><td colspan="2"> </td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''5/''' Lancer un BLASTX toujours sur le même organisme et contre le banque nr</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''5/''' Lancer un BLASTX toujours sur le même organisme et contre le banque nr</div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">''En fait, on travaillera plutôt au niveau protéique pour chercher des homologues, pour les raisons déjà vues au TP2 (conservation uniquement des CDS, pas sur les UTR, pas de problème de variation d'usage des codons donc taux d'identité plus élevé, et notion de similarité des acides aminés). Ici on connait la protéine donc mieux vaut faire un BLASTP qu'un BLASTX''</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>=Exercice 2 : recherche de protéines homologues à BCL2 humaine=</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>=Exercice 2 : recherche de protéines homologues à BCL2 humaine=</div></td></tr>
<!-- diff generator: internal 2024-03-29 07:24:38 -->
</table>Gaulinhttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=TD4_Bioanalyse&diff=9603&oldid=prevGaulin: /* Exercice 1 : recherche d'homologues avec BlastN */2022-11-25T16:24:54Z<p><span class="autocomment">Exercice 1 : recherche d'homologues avec BlastN</span></p>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 16:24, 25 November 2022</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 34:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 34:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''4/''' Des alignements avec des E-value >1 vous semblent-ils être de bons alignements ?</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''4/''' Des alignements avec des E-value >1 vous semblent-ils être de bons alignements ?</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>''En fait, on travaillera plutôt au niveau protéique pour chercher des homologues, pour les raisons déjà vues au TP2 (conservation uniquement des CDS, pas sur les UTR, pas de problème de variation d'usage des codons donc taux d'identité plus élevé, et notion de similarité des acides aminés)</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>''En fait, on travaillera plutôt au niveau protéique pour chercher des homologues, pour les raisons déjà vues au TP2 (conservation uniquement des CDS, pas sur les UTR, pas de problème de variation d'usage des codons donc taux d'identité plus élevé, et notion de similarité des acides aminés)''</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>''</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div> </div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline"><br><br></del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''5/''' Lancer un BLASTX toujours sur le même organisme et contre le banque nr</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''5/''' Lancer un BLASTX toujours sur le même organisme et contre le banque nr</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 16:24, 25 November 2022</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 36:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 36:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>''En fait, on travaillera plutôt au niveau protéique pour chercher des homologues, pour les raisons déjà vues au TP2 (conservation uniquement des CDS, pas sur les UTR, pas de problème de variation d'usage des codons donc taux d'identité plus élevé, et notion de similarité des acides aminés)</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>''En fait, on travaillera plutôt au niveau protéique pour chercher des homologues, pour les raisons déjà vues au TP2 (conservation uniquement des CDS, pas sur les UTR, pas de problème de variation d'usage des codons donc taux d'identité plus élevé, et notion de similarité des acides aminés)</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>''</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>''</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><br></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline"><br></ins><br></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''5/''' Lancer un BLASTX toujours sur le même organisme et contre le banque nr</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''5/''' Lancer un BLASTX toujours sur le même organisme et contre le banque nr</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 16:24, 25 November 2022</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 36:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 36:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>''En fait, on travaillera plutôt au niveau protéique pour chercher des homologues, pour les raisons déjà vues au TP2 (conservation uniquement des CDS, pas sur les UTR, pas de problème de variation d'usage des codons donc taux d'identité plus élevé, et notion de similarité des acides aminés)</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>''En fait, on travaillera plutôt au niveau protéique pour chercher des homologues, pour les raisons déjà vues au TP2 (conservation uniquement des CDS, pas sur les UTR, pas de problème de variation d'usage des codons donc taux d'identité plus élevé, et notion de similarité des acides aminés)</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>''</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>''</div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"><br></ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''5/''' Lancer un BLASTX toujours sur le même organisme et contre le banque nr</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''5/''' Lancer un BLASTX toujours sur le même organisme et contre le banque nr</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
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<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 16:23, 25 November 2022</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 36:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 36:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>''En fait, on travaillera plutôt au niveau protéique pour chercher des homologues, pour les raisons déjà vues au TP2 (conservation uniquement des CDS, pas sur les UTR, pas de problème de variation d'usage des codons donc taux d'identité plus élevé, et notion de similarité des acides aminés)</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>''En fait, on travaillera plutôt au niveau protéique pour chercher des homologues, pour les raisons déjà vues au TP2 (conservation uniquement des CDS, pas sur les UTR, pas de problème de variation d'usage des codons donc taux d'identité plus élevé, et notion de similarité des acides aminés)</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>''</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>''</div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">'''5/''' Lancer un BLASTX toujours sur le même organisme et contre le banque nr</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>=Exercice 2 : recherche de protéines homologues à BCL2 humaine=</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>=Exercice 2 : recherche de protéines homologues à BCL2 humaine=</div></td></tr>
<!-- diff generator: internal 2024-03-29 07:24:38 -->
</table>Gaulinhttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=TD4_Bioanalyse&diff=9599&oldid=prevGaulin: /* Exercice 3 : recherche d'homologues chez le nématode (Caenorhabditis) */2022-11-25T16:07:00Z<p><span class="autocomment">Exercice 3 : recherche d'homologues chez le nématode (Caenorhabditis)</span></p>
<table style="background-color: white; color:black;">
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<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 16:07, 25 November 2022</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 72:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 72:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''2/''' Sélectionner les séquences qui s'alignent sur la zone du domaine BCL2-like (cocher ou décocher les cases à droite) et lancer la 2e itération <br></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''2/''' Sélectionner les séquences qui s'alignent sur la zone du domaine BCL2-like (cocher ou décocher les cases à droite) et lancer la 2e itération <br></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>'''3/''' Observer les changements dans les résultats. Sélectionner les premières séquences, toujours alignées sur le domaine BCL2-like. Ne prenez pas les séquences de PDB (numéro d'accession commence par un chiffre). <del class="diffchange diffchange-inline">Si vous le souhaitez, lancer une autre itération. </del><br></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>'''3/''' Observer les changements dans les résultats. Sélectionner les premières séquences, toujours alignées sur le domaine BCL2-like. Ne prenez pas les séquences de PDB (numéro d'accession commence par un chiffre). <ins class="diffchange diffchange-inline">1 séquence par organisme suffit !</ins><br></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''4/''' Rajouter ces quelques séquences à votre jeu de séquences précédent, en les renommant également.</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>'''4/''' Rajouter ces quelques séquences à votre jeu de séquences précédent, en les renommant également.</div></td></tr>
<!-- diff generator: internal 2024-03-29 07:24:38 -->
</table>Gaulin