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Préparation de l'environnement

Au cours de ce TP, vous allez travailler sur un jeu de données d'expression du génome du riz dans différents tissus et organes au cours du développement. Il s'agit de données obtenues par hybridation sur des microarrays pour chacun des 57k probesets présents sur le microarray.

Il s'agit pour commencer de créer l'environnement de travail.

Créez tout d'abord un répertoire de travail sur le bureau (par exemple TDB-TP5) et commencez par télécharger le fichier source que vous allez utiliser et compléter pour générer le compte rendu de TP : M1.TDB.TP_Rice_Expression_Atlas.Rmd (click droit de la souris -- enregistrer la cible sous...). Ouvrez le logiciel RStudio et chargez ce fichier puis lancez sa compilation pour voir le compte rendu. Pour cela cliquez sur le bouton Knit HTML ou bien utilisez la combinaison de touches Ctrl + shift + K.

Récupération des données. Il s'agit ensuite de récupérer les fichiers de données. Téléchargez les fichiers suivant dans votre répertoire de travail :

• rice.atlas.expr.normalized.tsv : les données d'expression normalisées de 57k probesets dans 98 microarrays.
• rice.atlas.info.tsv : des informations supplémentaires sur chacune des hybridations.