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L2-L3 Bioinfo - TP Bases de donnees

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Les liens vers les mesures se trouvent sur la page http://silico.biotoul.fr/enseignement/lbioinfo/data-links.php
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Les liens vers les mesures saisies devraient se trouver encore sur la page http://silico.biotoul.fr/enseignement/lbioinfo/data-links.php
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Dans l'interface de phpMyAdmin sur le serveur silico
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Sur cette page, vous y trouverez également un lien vers l'interface de '''phpMyAdmin''' sur le serveur silico. '''Connectez-vous''' (même identifiant et mot de passe que accéder à la page des liens), puis utiliser la base de données ''lbioinfo''. '''Sélectionnez la table ''measures'''''. C'est dans celle-ci que vous allez ajouter vos mesures de surface foliaire.
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Une fois la table sélectionnée, allez dans l'onglet ''Browse''. '''Notez''' que
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* la colonne ''Source'' va correspondre aux noms des fichiers que vous avez analysés
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* la colonne ''Measure'' devra avoir la valeur <tt>Leaf_area</tt> en respectant bien les majuscules et minuscules
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* la colonne ''Value'' prendra la valeur de la surface foliaire que vous avez mesurée en cm<sup>2</sup>
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* la colonne ''User'' devra contenir votre numéro d'étudiant(e)
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Pour insérer vos mesures, allez dans l'onglet ''Insert''.
= Requêtes de consultation =
= Requêtes de consultation =

Revision as of 10:23, 9 February 2017

Contents

Création de la base de données

Afin de créer la base de données qui s'appellera lbioinfo, connectez vous sur le site http://localhost/phpmyadmin/ ou http://localhost/phpMyAdmin

Il s'agit d'un serveur Web local (installé sur votre ordinateur). Le programme faisant office de serveur Web s'appelle Apache. Des pages Web dynamiques fournissent une interface Web de gestion de bases de données (phpMyAdmin) pour un serveur de bases de données MySQL.

Ces programmes sont open sources et/ou gratuits et peuvent être installés sur Windows, Linux ou MacOS. Il existe des projets les rassemblant et qui permettent donc une installation rapide pour les néophytes : http://www.wampserver.com pour Windows par exemple.



Pour commencer, il faut créer une nouvelle base de données. Pour cela, cliquez sur l'onglet Bases de données. Vous avez alors la possibilité de nommer cette nouvelle base et de cliquez sur le bouton Créer. Cette nouvelle base devrait ensuite s'afficher sur la gauche de la page avec les autres bases existantes (information_schema, mysql et test normalement).

Vous pouvez alors cliquer sur cette nouvelle base pour la sélectionner. Il devrait s'afficher une page vous proposant de créer une nouvelle table.

Si vous désirez supprimer une base, vous pouvez après l'avoir sélectionnée, aller dans l'onglet Opérations, et cliquez sur Supprimer la base de données.

Création de tables

Pour cela, il faut sélectionner une base de données. Puis, dans l'onglet Structure, indiquez le nom de la table ainsi que le nombre de colonnes. D'où l'importance de déterminer à l'avance le schéma de la base de données. Néanmoins, la plupart des systèmes de gestion de bases de données (SGBD) actuels autorisent la modification de la structure de la base (ajout, suppression, renommage de colonnes et autres).

Créez la table ecotype définit dans le schéma ci-dessous.


Image:L2-L3 Bioinfo - DB Schema.png

Sauvegarde et restauration d'une base de données

La sauvegarde (appelée souvent dump) se fait dans l'onglet Exporter. Selon que vous êtes sur la page de la base ou sur la page d'une table, l'export se fera soit de la base complète soit de la table sélectionnée.

L'export permet de sauvegarder une image de la structure et des données de la base, ce qui permet de la restaurer sur un autre serveur de base de données (ou le même).

Essayez donc en cliquant sur l'onglet Exporter avec les options par défaut. Enregistrez puis/ou visualisez le fichier avec un éditeur de texte. Il s'agit du langage SQL et des commandes permettant la création de(s) table(s) (et éventuellement l'insertion des données si elles en contiennent). Les principales commandes sont donc :

  • CREATE TABLE nom_de_la_table (nom_colonne type_colonne, ...
  • INSERT INTO nom_de_la_table (noms des colonnes concernées) VALUES (valeurs pour ces colonnes)

Pour cette partie du TP, vous allez travailler sur une sauvegarde contenant à la fois la structure (création des tables) et les données que vous compléterez plus tard avec vos mesures (sur le serveur partagé par tout le monde).

Vous allez donc restaurer cette image en cliquant sur l'onglet Importer et en fournissant le fichier correspondant à la sauvegarde.

Après avoir restaurer cette image, allez sur la page de la base lbioinfo. Combien y a-t-il de lignes dans chacune des table ?

Explorez les données et essayez de déterminer quel écotype est le moins sensible.

Edition manuelle des données

Vous allez à présent ajouter les mesures de surface foliaire que vous avez effectuées sur les images au TP précédent.

Les liens vers les mesures saisies devraient se trouver encore sur la page http://silico.biotoul.fr/enseignement/lbioinfo/data-links.php

Sur cette page, vous y trouverez également un lien vers l'interface de phpMyAdmin sur le serveur silico. Connectez-vous (même identifiant et mot de passe que accéder à la page des liens), puis utiliser la base de données lbioinfo. Sélectionnez la table measures. C'est dans celle-ci que vous allez ajouter vos mesures de surface foliaire.

Une fois la table sélectionnée, allez dans l'onglet Browse. Notez que

  • la colonne Source va correspondre aux noms des fichiers que vous avez analysés
  • la colonne Measure devra avoir la valeur Leaf_area en respectant bien les majuscules et minuscules
  • la colonne Value prendra la valeur de la surface foliaire que vous avez mesurée en cm2
  • la colonne User devra contenir votre numéro d'étudiant(e)

Pour insérer vos mesures, allez dans l'onglet Insert.

Requêtes de consultation