http://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=L2-L3_Bioinfo_-_TP_Analyses_statistiques_des_donn%C3%A9es_(ph%C3%A9notypes,g%C3%A9notypes)&feed=atom&action=historyL2-L3 Bioinfo - TP Analyses statistiques des données (phénotypes,génotypes) - Revision history2024-03-29T09:47:50ZRevision history for this page on the wikiMediaWiki 1.15.1http://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=L2-L3_Bioinfo_-_TP_Analyses_statistiques_des_donn%C3%A9es_(ph%C3%A9notypes,g%C3%A9notypes)&diff=8032&oldid=prevBonhomme at 10:21, 15 February 20212021-02-15T10:21:55Z<p></p>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 10:21, 15 February 2021</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 64:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 64:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* Réalisez un test de comparaison des valeurs moyennes de la surface des feuilles pour les groupes génotypiques à chaque marqueur biallélique (test de Student). Pour cela, utilisez la commande t.test().</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* Réalisez un test de comparaison des valeurs moyennes de la surface des feuilles pour les groupes génotypiques à chaque marqueur biallélique (test de Student). Pour cela, utilisez la commande t.test().</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>Utilisez le code suivant pour programmer une série de tests de Student sur différentes colonnes du tableau, et <del class="diffchange diffchange-inline">récupérer </del>la p-valeur <del class="diffchange diffchange-inline">de chaque test</del>.</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>Utilisez le code suivant pour programmer une série de tests de Student sur différentes colonnes du tableau, et <ins class="diffchange diffchange-inline">interprétez chaque test grâce à </ins>la p-valeur <ins class="diffchange diffchange-inline">donnée</ins>.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Premier test : surface foliaire vs. présence/absence de Gene_At1g01120 (qui est la colonne 8)</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Premier test : surface foliaire vs. présence/absence de Gene_At1g01120 (qui est la colonne 8)</div></td></tr>
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</table>Bonhommehttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=L2-L3_Bioinfo_-_TP_Analyses_statistiques_des_donn%C3%A9es_(ph%C3%A9notypes,g%C3%A9notypes)&diff=8008&oldid=prevBonhomme at 14:34, 9 February 20212021-02-09T14:34:32Z<p></p>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 14:34, 9 February 2021</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 36:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 36:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000'></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000'></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Quelles sont les dimensions du tableau ? Combien y-a-t-il de variables ? Pour cela utilisez la fonction dim().</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Quelles sont les dimensions du tableau ? Combien y-a-t-il de variables ? Pour cela utilisez la fonction dim().</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>Repérez les variables quantitatives (numériques) et les variables qualitatives (facteur, variable binaire). Pour cela vous pouvez utilisez par exemple la fonction summary(). </div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>Repérez les variables quantitatives (numériques) et les variables qualitatives (facteur, variable binaire). Pour cela vous pouvez utilisez par exemple la fonction summary<ins class="diffchange diffchange-inline">(), ou str</ins>(). </div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></span></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></span></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
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</table>Bonhommehttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=L2-L3_Bioinfo_-_TP_Analyses_statistiques_des_donn%C3%A9es_(ph%C3%A9notypes,g%C3%A9notypes)&diff=8007&oldid=prevBonhomme at 14:32, 9 February 20212021-02-09T14:32:20Z<p></p>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
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</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 65:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 65:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* Réalisez un test de comparaison des valeurs moyennes de la surface des feuilles pour les groupes génotypiques à chaque marqueur biallélique (test de Student). Pour cela, utilisez la commande t.test().</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* Réalisez un test de comparaison des valeurs moyennes de la surface des feuilles pour les groupes génotypiques à chaque marqueur biallélique (test de Student). Pour cela, utilisez la commande t.test().</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Utilisez le code suivant pour programmer une série de tests de Student sur différentes colonnes du tableau, et récupérer la p-valeur de chaque test.</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Utilisez le code suivant pour programmer une série de tests de Student sur différentes colonnes du tableau, et récupérer la p-valeur de chaque test.</div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">Premier test : surface foliaire vs. présence/absence de Gene_At1g01120 (qui est la colonne 8)</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><source lang='rsplus'></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><source lang='rsplus'></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">pval=c</del>()</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">t.test</ins>(<ins class="diffchange diffchange-inline">Leaf_area ~ Gene_At1g01120</ins>)</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>for (i in <del class="diffchange diffchange-inline">8</del>:15) <del class="diffchange diffchange-inline">pval[</del>i<del class="diffchange diffchange-inline">-8+1]=unlist</del>(t.test(Leaf_area~arabido[,i])<del class="diffchange diffchange-inline">[3]</del>)</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline"></source></ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">data.frame(colnames(arabido)[8:15],pval)</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div> </div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">Pour automatiser un peu sur les colonnes restantes, on fait des itérations sur les noms des colonnes 9 à 15 :</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div> </div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline"><source lang='rsplus'></ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>for (i in <ins class="diffchange diffchange-inline">names(arabido)[9</ins>:15<ins class="diffchange diffchange-inline">]</ins>) <ins class="diffchange diffchange-inline">{</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline"> cat(paste("Leaf_area vs.", </ins>i<ins class="diffchange diffchange-inline">))</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline"> print</ins>(t.test(Leaf_area~arabido[,i]))</div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">}</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></source></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></source></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<!-- diff generator: internal 2024-03-29 09:47:50 -->
</table>Bonhommehttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=L2-L3_Bioinfo_-_TP_Analyses_statistiques_des_donn%C3%A9es_(ph%C3%A9notypes,g%C3%A9notypes)&diff=8006&oldid=prevBonhomme at 14:29, 9 February 20212021-02-09T14:29:05Z<p></p>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 14:29, 9 February 2021</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 20:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 20:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>ou directement à partir de l'URL du fichier (pratique si vous êtes sous Rstudio Cloud):</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>ou directement à partir de l'URL du fichier (pratique si vous êtes sous Rstudio Cloud):</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><source lang='rsplus'></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><source lang='rsplus'></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>arabido=read.table("http://silico.biotoul.fr/site/images/6/63/Data_for_TP3.txt", sep="\t", header=TRUE) # nécessite une connexion internet</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>arabido=read.table("http://silico.biotoul.fr/site/images/6/63/Data_for_TP3.txt"<ins class="diffchange diffchange-inline">, stringsAsFactors=T</ins>, sep="\t", header=TRUE) # nécessite une connexion internet</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></source></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></source></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 36:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 36:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000'></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000'></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Quelles sont les dimensions du tableau ? Combien y-a-t-il de variables ? Pour cela utilisez la fonction dim().</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Quelles sont les dimensions du tableau ? Combien y-a-t-il de variables ? Pour cela utilisez la fonction dim().</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>Repérez les variables quantitatives (numériques) et les variables qualitatives (facteur, variable binaire). Pour cela vous pouvez utilisez par exemple la fonction <del class="diffchange diffchange-inline">str</del>(). </div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>Repérez les variables quantitatives (numériques) et les variables qualitatives (facteur, variable binaire). Pour cela vous pouvez utilisez par exemple la fonction <ins class="diffchange diffchange-inline">summary</ins>(). </div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></span></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></span></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
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</table>Bonhommehttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=L2-L3_Bioinfo_-_TP_Analyses_statistiques_des_donn%C3%A9es_(ph%C3%A9notypes,g%C3%A9notypes)&diff=7982&oldid=prevBonhomme at 14:45, 5 February 20212021-02-05T14:45:10Z<p></p>
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<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 14:45, 5 February 2021</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 15:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 15:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Lecture:</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Lecture:</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><source lang='rsplus'></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><source lang='rsplus'></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>arabido=read.table("data_for_TP3.txt", sep="\t", header=TRUE)</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">#</ins>arabido=read.table("data_for_TP3.txt", sep="\t", header=TRUE)</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></source></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></source></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
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</table>Bonhommehttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=L2-L3_Bioinfo_-_TP_Analyses_statistiques_des_donn%C3%A9es_(ph%C3%A9notypes,g%C3%A9notypes)&diff=7967&oldid=prevBonhomme at 10:42, 1 February 20212021-02-01T10:42:17Z<p></p>
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<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 10:42, 1 February 2021</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 8:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 8:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></span> Sous RStudio, changez le répertoire courant vers le répertoire contenant le fichier de données. Pour cela, <span style='color: #990000;'>cliquez sur le menu <tt>Session</tt> puis <tt>Set Working Directory > Choose Directory</tt>. </div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></span> Sous RStudio, changez le répertoire courant vers le répertoire contenant le fichier de données. Pour cela, <span style='color: #990000;'>cliquez sur le menu <tt>Session</tt> puis <tt>Set Working Directory > Choose Directory</tt>. </div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000'> !! Si vous travaillez avec Rstudio Cloud, il suffit de vous connecter avec vos identifiants sur https://rstudio.cloud, et de créer un "New Project" !! </span></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000'> <ins class="diffchange diffchange-inline">'''</ins>!! Si vous travaillez avec Rstudio Cloud, il suffit de vous connecter avec vos identifiants sur https://rstudio.cloud, et de créer un "New Project" !!<ins class="diffchange diffchange-inline">''' </ins></span></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 15:10, 21 January 2021</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 8:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 8:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></span> Sous RStudio, changez le répertoire courant vers le répertoire contenant le fichier de données. Pour cela, <span style='color: #990000;'>cliquez sur le menu <tt>Session</tt> puis <tt>Set Working Directory > Choose Directory</tt>. </div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></span> Sous RStudio, changez le répertoire courant vers le répertoire contenant le fichier de données. Pour cela, <span style='color: #990000;'>cliquez sur le menu <tt>Session</tt> puis <tt>Set Working Directory > Choose Directory</tt>. </div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>=<del class="diffchange diffchange-inline">= Lecture </del>et <del class="diffchange diffchange-inline">exploration du tableau </del>de <del class="diffchange diffchange-inline">données ==</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline"><span style</ins>=<ins class="diffchange diffchange-inline">'color: #990000'> !! Si vous travaillez avec Rstudio Cloud, il suffit de vous connecter avec vos identifiants sur https://rstudio.cloud, </ins>et de <ins class="diffchange diffchange-inline">créer un "New Project" !! </span></ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">== Lecture et exploration du tableau de données ==</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Lecture:</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Lecture:</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 16:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 18:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></source></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></source></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>ou directement à partir de l'URL du fichier :</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>ou directement à partir de l'URL du fichier <ins class="diffchange diffchange-inline">(pratique si vous êtes sous Rstudio Cloud)</ins>:</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><source lang='rsplus'></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><source lang='rsplus'></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>arabido=read.table("http://silico.biotoul.fr/site/images/6/63/Data_for_TP3.txt", sep="\t", header=TRUE) # nécessite une connexion internet</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>arabido=read.table("http://silico.biotoul.fr/site/images/6/63/Data_for_TP3.txt", sep="\t", header=TRUE) # nécessite une connexion internet</div></td></tr>
<!-- diff generator: internal 2024-03-29 09:47:50 -->
</table>Bonhommehttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=L2-L3_Bioinfo_-_TP_Analyses_statistiques_des_donn%C3%A9es_(ph%C3%A9notypes,g%C3%A9notypes)&diff=7901&oldid=prevBonhomme at 15:03, 21 January 20212021-01-21T15:03:10Z<p></p>
<table style="background-color: white; color:black;">
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<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 15:03, 21 January 2021</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>= Analyses statistiques des données (phénotypes, génotypes) =</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>= Analyses statistiques des données (phénotypes, génotypes) =</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>Lors du TP précédent, vous avez manipulé une base de données comportant différentes sources d'informations concernant les lignées d'Arabettes analysées en traitement d'images.</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>Lors du TP précédent, vous avez manipulé une base de données comportant différentes sources d'informations concernant les lignées d'Arabettes analysées en traitement d'images<ins class="diffchange diffchange-inline">, suite à l'infection par une bactérie pathogène</ins>.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Dans le cadre du présent TP, vous allez analyser le tableau de données généré à partir de la base de données, avec le logiciel d'analyses statistiques R ou RStudio.</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Dans le cadre du présent TP, vous allez analyser le tableau de données généré à partir de la base de données, avec le logiciel d'analyses statistiques R ou RStudio.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<!-- diff generator: internal 2024-03-29 09:47:50 -->
</table>Bonhommehttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=L2-L3_Bioinfo_-_TP_Analyses_statistiques_des_donn%C3%A9es_(ph%C3%A9notypes,g%C3%A9notypes)&diff=7900&oldid=prevBonhomme at 14:49, 21 January 20212021-01-21T14:49:29Z<p></p>
<table style="background-color: white; color:black;">
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<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 14:49, 21 January 2021</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 40:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 40:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>* Réalisez un graphique permettant de visualiser la corrélation entre la surface des feuilles et le nombre de racines latérales, en utilisant la fonction plot() [exemple plot(x,y)].</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>* Réalisez un graphique permettant de visualiser la corrélation entre la surface des feuilles et le nombre de racines latérales, en utilisant la fonction plot() [exemple<ins class="diffchange diffchange-inline">: </ins>plot(x,y)].</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* Réalisez un graphique permettant de visualiser la corrélation entre la surface des feuilles et la latitude, de même avec la longitude, en utilisant la fonction plot().</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* Réalisez un graphique permettant de visualiser la corrélation entre la surface des feuilles et la latitude, de même avec la longitude, en utilisant la fonction plot().</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>* Réalisez un graphique permettant de visualiser l'effet de la présence/absence naturelle de la bactérie dans le pays d'origine des plantes, sur la surface foliaire, en utilisant la fonction boxplot() [exemple boxplot(y~x)]. </div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>* Réalisez un graphique permettant de visualiser l'effet de la présence/absence naturelle de la bactérie dans le pays d'origine des plantes, sur la surface foliaire, en utilisant la fonction boxplot() [exemple<ins class="diffchange diffchange-inline">: </ins>boxplot(y~x)]. </div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000'></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000'></div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 52:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 52:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>* Calculez 2 à 2 le coefficient de corrélation entre la surface des feuilles avec le nombre de racines latérales, puis avec la latitude et la longitude, en utilisant la fonction cor() [exemple cor(x,y)].</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>* Calculez 2 à 2 le coefficient de corrélation entre la surface des feuilles avec le nombre de racines latérales, puis avec la latitude et la longitude, en utilisant la fonction cor() [exemple<ins class="diffchange diffchange-inline">: </ins>cor(x,y)].</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000'></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000'></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Cela vous semble-t-il en cohérence avec les graphiques précédents?</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Cela vous semble-t-il en cohérence avec les graphiques précédents?</div></td></tr>
<!-- diff generator: internal 2024-03-29 09:47:50 -->
</table>Bonhommehttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=L2-L3_Bioinfo_-_TP_Analyses_statistiques_des_donn%C3%A9es_(ph%C3%A9notypes,g%C3%A9notypes)&diff=7899&oldid=prevBonhomme at 14:48, 21 January 20212021-01-21T14:48:39Z<p></p>
<table style="background-color: white; color:black;">
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<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 14:48, 21 January 2021</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 40:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 40:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>* Réalisez un graphique permettant de visualiser la corrélation entre la surface des feuilles et le nombre de racines latérales.</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>* Réalisez un graphique permettant de visualiser la corrélation entre la surface des feuilles et le nombre de racines latérales<ins class="diffchange diffchange-inline">, en utilisant la fonction plot() [exemple plot(x,y)]</ins>.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>* Réalisez un graphique permettant de visualiser la corrélation entre la surface des feuilles et la latitude<del class="diffchange diffchange-inline">; </del>de même avec la longitude.</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>* Réalisez un graphique permettant de visualiser la corrélation entre la surface des feuilles et la latitude<ins class="diffchange diffchange-inline">, </ins>de même avec la longitude<ins class="diffchange diffchange-inline">, en utilisant la fonction plot()</ins>.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>* Réalisez un graphique permettant de visualiser l'effet de la présence/absence naturelle de la bactérie dans le pays d'origine des plantes, sur la surface foliaire<del class="diffchange diffchange-inline">.</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>* Réalisez un graphique permettant de visualiser l'effet de la présence/absence naturelle de la bactérie dans le pays d'origine des plantes, sur la surface foliaire, <ins class="diffchange diffchange-inline">en utilisant la fonction </ins>boxplot() [exemple boxplot(y~x)]. <ins class="diffchange diffchange-inline"> </ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">Utilisez les commandes plot() [exemple plot(x</del>,<del class="diffchange diffchange-inline">y)] et </del>boxplot() [exemple boxplot(y~x)] <del class="diffchange diffchange-inline">pour réaliser ces graphiques</del>.</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000'></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000'></div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 53:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 52:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>* Calculez 2 à 2 le coefficient de corrélation entre la surface des feuilles<del class="diffchange diffchange-inline">, </del>le nombre de racines latérales, la latitude<del class="diffchange diffchange-inline">, </del>la longitude.</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>* Calculez 2 à 2 le coefficient de corrélation entre la surface des feuilles <ins class="diffchange diffchange-inline">avec </ins>le nombre de racines latérales, <ins class="diffchange diffchange-inline">puis avec </ins>la latitude <ins class="diffchange diffchange-inline">et </ins>la longitude<ins class="diffchange diffchange-inline">, en utilisant la fonction cor() [exemple cor(x,y)]</ins>.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000'></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000'></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Cela vous semble-t-il en cohérence avec les graphiques précédents?</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Cela vous semble-t-il en cohérence avec les graphiques précédents?</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 81:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 80:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">* Réalisez le même test mais avec le nombre de racines latérales.</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>* Réalisez enfin des graphiques permettant de visualiser les corrélations phénotype / génotype pour les marqueurs significativement associés aux valeurs phénotypiques de surface des feuilles (utilisez la <ins class="diffchange diffchange-inline">fonction </ins>boxplot(<ins class="diffchange diffchange-inline">y~x</ins>)<ins class="diffchange diffchange-inline">]</ins>.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline"><span style='color: #990000'></del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">Que remarquez-vous?</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline"></span></del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div> </div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div> </div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>* Réalisez enfin des graphiques permettant de visualiser les corrélations phénotype / génotype pour les marqueurs significativement associés aux valeurs phénotypiques de surface des feuilles<del class="diffchange diffchange-inline">, et du nombre de racines latérales </del>(utilisez la <del class="diffchange diffchange-inline">commande </del>boxplot()<del class="diffchange diffchange-inline">)</del>.</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000'></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000'></div></td></tr>
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</table>Bonhomme