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L2-L3 Bioinfo - TD Bases de donnees

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Contents

Contexte

  • sensisibilté/résistances d'écotypes différents d'Araidopsis thaliana (arabette) à une bactérie pathogène.
  • photos et mesures de la surface foliaires de différents écotypes
  • par la suite, on va chercher à analyser la croissance des plantes, et donc leur sensibilité, par rapport aux génotypes
  • stockage de tout ça dans une base de données pour leur analyse statistique par la suite
  • en plus de la surface foliaire, il faut donc aussi stocker des informations sur les différents écotypes, les mesures effectuées et des informations sur les génotypes

Au niveaux des écotypes, afin de les différencier, à chaque écotype est attribué un identifiant unique (Accession_id) permettant de renseigner le pays d'origine (Country) avec la Latitude et la Longitude exactes ainsi que si la bactérie pathogène est naturellement présente (Natural_Bacterial_occurence). Concernant les images analysées à la 1ère séance de TP, il faut renseigner à quel écotype chaque image correspond, quand a été prise l'image et éventuellement pouvoir ajouter des commentaires. Ensuite, avec les analyses effectuées, on souhaite également enregistrer la surface foliaire mesurée, et par qui. Il faudra donc aussi conserver des informations sur les utilisateurs telles que leur identifiant, leur nom et leur prénom, leur provenance (L2/L3 BCP/2B2M/BOPE) et leur groupe de TP. Une autre mesure déjà effectuée sera stocker aussi : le nombre de racines latérales.

Modèle entités-associations

Dans un premier temps, proposez un modèle entités-associations modélisant les données à gérées.

Pour cela, il vous faudra identifier les entités (ex: écotype) et leurs attributs. Et en parallèle, les relations/associations entre ces entités avec leurs attributs et la cardinalité des associations (ex: plusieurs images peuvent correspondre à un écotype).

Modèles relationnel

A partir du modèle précédent, il s'agit maintenant de le traduire en modèle relationnel ou schéma de bases de données.

Utilisation de la base de données

Consultation

Ajout de données

Mise à jour