silico.biotoul.fr
 

Enseignements

From silico.biotoul.fr

Jump to: navigation, search


Contents

Licence 2 et 3 Biologie

Bioinformatique - Option L2-L3 2B2M-BCP-BBE


Emploi du temps

Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris



Supports de cours

Sujets de TD/TP

L3 BCP Bioanalyse (KSVA6ABU)

2022_2023 Planning des Enseignements

Toutes les informations relatives à l'UE de Bioanalyse sont également disponibles dans l'espace dédié sur Moodle

  • Les CMs de Bioanalyse, au nombre de six, débuteront semaine 2 (9_13 Janvier 2023) sur des créneaux horaires particuliers, avec les deux premiers CMs en semaine 2. A savoir  :
       CM1 : Lundi 13H30 (CMB) Denjoy U1 et Mardi 15h45 (CMA), Denjoy U1  
       CM2 : Vendredi 10h05 (CMB) Le Chatelier 2A et Mercredi 15h45 (CMA) Denjoy U1

Les CMs suivants (CM3-CM6) auront lieu entre les semaines 3 et 6

       CM3-CM6 : vendredi 10h05 (CMB), Le Chatelier 2A et mercredi 15h45 (CMA) Denjoy U1
  • Les TPs, au nombre de cinq, se déroulent en salle informatique. Les quatre premiers TPs sont de 3h30 et le cinquième de 2h, donc attention aux horaires !

Veuillez respecter votre créneau de TP, compte tenu du nombre d'ordis par salle infos, merci

  • Fichier du Planning 2022_2023 (salles et séries)

Planning Bioanalyse CMs et TPs L3 BCP 2022_2023 (mise a jour Janv 2023)

  • Le CC aura surement lieu, le Jeudi de la semaine 8 à compter de 18h, dans un lieu restant à définir. Réservez vous le créneau horaire !



TPs en salle


Licence Pro GeBAP

Schéma de sélection et productions de semences

  • TP Analyse de QTL

L3 Biodiversité & Biologie Environementale (BEE)

Ingénierie du Végétal (KSVC5AEU)

Initiation à l'analyse de séquences biologiques


Master

Master 1 - Biotechnologies

Evolution Moléculaire (KBTD8AGU)

Supports de cours :


Support TP :


Support TD :

Master 1

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM

Traitement de données biologiques (KBVX7AH1)

Supports de cours :

Supports de TD/TP :


Liens

Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)

Support de cours:

Supports de TD/TP :

Génomique Evolutive et Phylogénie

Supports de TD/TP :

Medicago SNPs sequences
Drosophile sequences
Primates lysozymes sequences

Master 1 - Bioinformatique parcours Biologie des Systèmes + Bioinformatique et Génomique Environnementale

Evolution Moléculaire (KBIA8ABU - KBIB8ABU)

Supports de cours :


Support TP :


Support TD :


Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes


Bioinformatique pour la Génomique (KBIX7AB1)

Supports de cours :

Tutoriels de TP :


Projet annotation d'un fragment génomique à remettre au plus tard le vendredi 22 décembre



Mathématique pour la Biologie (KBIA7AI)

Sujets de TP :

  • TP Matrices PAM
  • TP ACP
  • TP Modélisation


Liens :

  • http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)

Références

  • Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod





Traitement de graphes et réseaux biologiques (KBIA7AD)

Espace moodle (inscription obligatoire) : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=7647

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TP avec Roland Barriot Création de modules python (manipulation de graphes + Gene Ontology) et prise en main de igraph
  • TP5 Recherche de communautés dans les graphes


Projets 2023-24

Sujet disponible sur moodle.

Fichiers de départs à compléter disponibles sur gitlab.


Liens: Logiciels

Librairies

Serveurs & Banques

Formats

Autres

Références

  • Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
  • Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
  • An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
  • Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
  • Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105


Fouille de données (KBIA8AC)

Support de cours


Sujets de TD/TP sur gitlab → https://gitlab.com/rbarriot/datamining


Projet


Liens

Références

  • Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
  • GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.
  • Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006

Master 1 - MEEF

Sciences de la Vie (EE7BSVFM)

Supports de TD :


Master 2

Master 2 Microbiologie

Supports de cours
Tutoriels de TP


Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Atelier système

Atelier Chipseq

Atelier Galaxy

UE Communication

liste des publications à présenter en préparation des ateliers:

Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de récupérer et de lire les supplementary data qui sont aussi importants pour la compréhension de l'article. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.


Calendrier des présentations d'articles
EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent)
lundi 16 octobre 9h30-10h30 : articles Atelier Etude du Métabolisme article 1 : Jean et Etienne
lundi 16 octobre 10h30-12h45: article Atelier Structure de la chromatine article 1 : 10h30-11h30 : Julie et Catherine article 2 : 11h45-12h45 : Claire et Moussa
lundi 16 octobre 14h30-16h30 : articles Atelier Phylogénomique article 2 : 14h30-15h30 : Margaux et Han article 2 : 15h30-16h30 : Pricilla et Youssef
Commentaires éventuels : 16h30-17h


Gestion des données non structurées et applications post-génomiques (GDNS-AP)

Se référer à l'espace moodle


Atelier Phylogénomique

Intervenants : Claire Hoede et Yves Quentin

Atelier de Phylogénomique


Biologie des Systèmes - G. Czaplicki

Fichiers avec les codes :

Biologie des Systèmes - G. Fichant

Support de cours:


TP :






Master 2 - Biologie des Plantes et Microorganismes Associés (BPMA)

Biologie Computationnelle

Année 2023-2024

Examen : partie 'E. Maza'


Donnees

Reponses a adresser par mail à

elie.maza@toulouse.inp.fr

elodie.gaulin@univ-tlse3.fr


Examen : partie E. Gaulin / C. Mathe - Sujet Bioanalyse, sur papier en salle


Retrouvez les supports de cours et les TPs sur le lien suivant


mamba

Documentation : https://mamba.readthedocs.io/en/latest/installation.html

Download

curl -L -O "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh"

Run

sh Mambaforge-Linux-x86_64.sh 
Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>> yes 

Mambaforge will now be installed into this location:
/home/guest/mambaforge

  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below 

[/home/guest/mambaforge] >>>  

Do you wish the installer to initialize Mambaforge
by running conda init? [yes|no]
[no] >>> yes

Ouvrir un nouveau terminal/shell

Channels

conda config --add channels bioconda 

Plus d'info sur https://src.koda.cnrs.fr/roland.barriot/mbioinfo.workstation.setup#environnements-avec-mamba-ou-conda