http://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire&feed=atom&action=historyBioanalyse TD Analyse de sequences et Biologie Moleculaire - Revision history2024-03-29T07:27:32ZRevision history for this page on the wikiMediaWiki 1.15.1http://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire&diff=9462&oldid=prevGaulin: /* Exercice 5 : Définition d'amorces PCR */2022-11-15T09:06:12Z<p><span class="autocomment">Exercice 5 : Définition d'amorces PCR</span></p>
<table style="background-color: white; color:black;">
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<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 09:06, 15 November 2022</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 89:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 89:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* Choix des amorces PCR</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* Choix des amorces PCR</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>A partir de votre séquence d'ADNc, faites une recherche d’amorces PCR avec le programme '''Primer3''' disponible [<del class="diffchange diffchange-inline">http</del>://<del class="diffchange diffchange-inline">www</del>.<del class="diffchange diffchange-inline">primer3plus</del>.<del class="diffchange diffchange-inline">com</del>/<del class="diffchange diffchange-inline">primer3web/primer3web_input.htm </del>ici].</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>A partir de votre séquence d'ADNc, faites une recherche d’amorces PCR avec le programme '''Primer3''' disponible [<ins class="diffchange diffchange-inline">https</ins>://<ins class="diffchange diffchange-inline">primer3</ins>.<ins class="diffchange diffchange-inline">ut</ins>.<ins class="diffchange diffchange-inline">ee</ins>/ ici].</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Paramétrez le programme pour sélectionner au mieux la zone que vous voulez amplifier (= '''le domaine BCL''') en demandant des amorces de 20 nucléotides minimum <br></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Paramétrez le programme pour sélectionner au mieux la zone que vous voulez amplifier (= '''le domaine BCL''') en demandant des amorces de 20 nucléotides minimum <br></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Il faudra définir la zone que vous voulez amplifier dans Targets. Le programme demande : ''position_début'', ''longueur_de_la_zone''.<br></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Il faudra définir la zone que vous voulez amplifier dans Targets. Le programme demande : ''position_début'', ''longueur_de_la_zone''.<br></div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 97:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 97:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* Spécificité des amorces. Vérifiez la spécificité du couple d'amorces présentées ci-dessous. <br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* Spécificité des amorces. Vérifiez la spécificité du couple d'amorces présentées ci-dessous. <br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>sens : <del class="diffchange diffchange-inline">TCCATTATAAGCTGTCGCAGA </del><br/></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>sens : <ins class="diffchange diffchange-inline">GAGTGGGATGCGGGAGATGT</ins><br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>reverse : <del class="diffchange diffchange-inline">CAGCCAGGAGAAATCAAACAG </del><br/></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>reverse : <ins class="diffchange diffchange-inline">GAAATCAAACAGAGGCCGCA</ins><br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>On utilisera pour cela à nouveau le programme Nucleotide BLAST au [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI], en rentrant comme séquence requête les 2 amorces, séparées par une série de N : amorce_sensNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNamorce_reverse<br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>On utilisera pour cela à nouveau le programme Nucleotide BLAST au [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI], en rentrant comme séquence requête les 2 amorces, séparées par une série de N : amorce_sensNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNamorce_reverse<br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Choisir dans '''Database''' Genomic+transcript => Human genomic plus transcript (cochez la case exclude model XM/XP = prédictions)<br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Choisir dans '''Database''' Genomic+transcript => Human genomic plus transcript (cochez la case exclude model XM/XP = prédictions)<br/></div></td></tr>
<!-- diff generator: internal 2024-03-29 07:27:32 -->
</table>Gaulinhttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire&diff=9461&oldid=prevGaulin: /* Exercice 2 : Analyse d'une séquence protéique */2022-11-15T08:59:15Z<p><span class="autocomment">Exercice 2 : Analyse d'une séquence protéique</span></p>
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<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
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</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 37:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 37:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Nous allons étudier la plus longue des 2 séquences précédemment trouvées.</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Nous allons étudier la plus longue des 2 séquences précédemment trouvées.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>1. Allez sur le site d’[http://www.expasy.org/ <del class="diffchange diffchange-inline">EXPASy</del>] :<br/></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>1. Allez sur le site d’[http://www.expasy.org/ <ins class="diffchange diffchange-inline">ExPASy</ins>] :<br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Qu’est-ce-que le serveur '''Expasy''' ? Regardez les outils disponibles dans '''Proteins&Proteomes'''.<br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Qu’est-ce-que le serveur '''Expasy''' ? Regardez les outils disponibles dans '''Proteins&Proteomes'''.<br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Calculez le Poids moléculaire et le Point isoélectrique de la protéine (Compute PI/MW ou ProtParam)</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Calculez le Poids moléculaire et le Point isoélectrique de la protéine (Compute PI/MW ou ProtParam)</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 52:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 52:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Comparez les résultats que vous avez obtenus avec l’annotation de la séquence, au format GenPept.</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Comparez les résultats que vous avez obtenus avec l’annotation de la séquence, au format GenPept.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Regardez maintenant l’entrée P10415 sur UniProt (lien depuis EXPASy)</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Regardez maintenant l’entrée P10415 sur UniProt (lien depuis EXPASy)</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><br></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline"><br></ins><br></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>On remarque que la séquence de SwissProt était très bien annotée (mieux que celle de RefSeq). D'une façon générale, la logique est de lire les informations fournies avant de faire des analyses !</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>On remarque que la séquence de SwissProt était très bien annotée (mieux que celle de RefSeq). D'une façon générale, la logique est de lire les informations fournies avant de faire des analyses !</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
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</table>Gaulinhttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire&diff=9460&oldid=prevGaulin: /* Exercice 2 : Analyse d'une séquence protéique */2022-11-15T08:58:33Z<p><span class="autocomment">Exercice 2 : Analyse d'une séquence protéique</span></p>
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<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 08:58, 15 November 2022</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 45:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 45:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Testez Phobius pour la recherche de régions transmembranaires</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Testez Phobius pour la recherche de régions transmembranaires</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Utilisez InterProscan pour interroger les banques de domaines et de motifs</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Utilisez InterProscan pour interroger les banques de domaines et de motifs</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"><br/></del></div></td><td colspan="2"> </td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>3. Testez d’autres programmes de votre choix à l'EBI, sur ExPASy ou ailleurs</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>3. Testez d’autres programmes de votre choix à l'EBI, sur ExPASy ou ailleurs</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 53:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 52:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Comparez les résultats que vous avez obtenus avec l’annotation de la séquence, au format GenPept.</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Comparez les résultats que vous avez obtenus avec l’annotation de la séquence, au format GenPept.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Regardez maintenant l’entrée P10415 sur UniProt (lien depuis EXPASy)</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Regardez maintenant l’entrée P10415 sur UniProt (lien depuis EXPASy)</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div> </div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline"><br></ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>On remarque que la séquence de SwissProt était très bien annotée (mieux que celle de RefSeq). D'une façon générale, la logique est de lire les informations fournies avant de faire des analyses !</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>On remarque que la séquence de SwissProt était très bien annotée (mieux que celle de RefSeq). D'une façon générale, la logique est de lire les informations fournies avant de faire des analyses !</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<!-- diff generator: internal 2024-03-29 07:27:32 -->
</table>Gaulinhttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire&diff=9459&oldid=prevGaulin: /* OBJECTIFS */2022-11-15T08:56:35Z<p><span class="autocomment">OBJECTIFS</span></p>
<table style="background-color: white; color:black;">
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<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 08:56, 15 November 2022</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>=OBJECTIFS =</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>=OBJECTIFS =</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div> <del class="diffchange diffchange-inline">Savoir utiliser </del>les <del class="diffchange diffchange-inline">outils </del>de <del class="diffchange diffchange-inline">bioanalyse appropriés pour répondre à une question biologique </del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div> <ins class="diffchange diffchange-inline">Révision recherche dans </ins>les <ins class="diffchange diffchange-inline">banques et alignements</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div> <del class="diffchange diffchange-inline">Comprendre la démarche utilisée pour répondre à la problématique biologique </del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline"> Outils simples : recherche d'ORF, design </ins>de <ins class="diffchange diffchange-inline">primers</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div> <ins class="diffchange diffchange-inline">Premiers pas avec BLAST (le cours viendra après)</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>---------------------------------------------------------</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>---------------------------------------------------------</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 28:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 29:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Restreindre les résultats aux séquences de la banque RefSeq.<br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Restreindre les résultats aux séquences de la banque RefSeq.<br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>Vous devez maintenant avoir 2 isoformes NP_000624 et NP_000648. (et <del class="diffchange diffchange-inline">2 </del>séquences prédites avec des numéros d'accession en XP_ qu'on ne gardera pas)<br/></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>Vous devez maintenant avoir 2 isoformes NP_000624 et NP_000648. (et <ins class="diffchange diffchange-inline">4 </ins>séquences prédites avec des numéros d'accession en XP_ qu'on ne gardera pas)<br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*A l’aide des programmes d’alignement de la suite [http://www.bioinformatics.nl/emboss-explorer/ EMBOSS], comparez les séquences protéiques des 2 isoformes. Quelles sont vont conclusions ?</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*A l’aide des programmes d’alignement de la suite [http://www.bioinformatics.nl/emboss-explorer/ EMBOSS], comparez les séquences protéiques des 2 isoformes. Quelles sont vont conclusions ?</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 34:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 35:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Afin d'appréhender l'organisation structurale et la localisation cellulaire de BCL2, une analyse fine des séquences protéiques est nécessaire.</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Afin d'appréhender l'organisation structurale et la localisation cellulaire de BCL2, une analyse fine des séquences protéiques est nécessaire.</div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">Nous allons étudier la plus longue des 2 séquences précédemment trouvées.</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>Allez sur le site d’[http://www.expasy.org/ EXPASy] :<br/></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">1. </ins>Allez sur le site d’[http://www.expasy.org/ EXPASy] :<br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div> </div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Qu’est-ce-que le serveur '''Expasy''' ? Regardez les outils disponibles dans '''Proteins&Proteomes'''.<br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Qu’est-ce-que le serveur '''Expasy''' ? Regardez les outils disponibles dans '''Proteins&Proteomes'''.<br/></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">*Calculez le Poids moléculaire et le Point isoélectrique de la protéine (Compute PI/MW ou ProtParam)</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">*Cherchez les interactions avec STRING</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">2. Dans la liste des [https://www.ebi.ac.uk/services/data-resources-and-tools? Ressources de l'EBI] :</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">*Testez Phobius pour la recherche de régions transmembranaires</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">*Utilisez InterProscan pour interroger les banques de domaines et de motifs</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"><br/></ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">3. Testez d’autres programmes de votre choix à l'EBI, sur ExPASy ou ailleurs</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">Listes d'outils sur [https://molbiol-tools.ca/ Molbiol-Tools] ou [https://www.hsls.pitt.edu/obrc/ OBRC] par exemple (structure secondaire, région transmembranaire, adressage, sites de clivage, phosphorylation...)</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">Etudiez maintenant la plus longue des 2 séquences précédemment trouvées</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">4</ins>. <ins class="diffchange diffchange-inline">Comparaison avec l'annotation </ins>de la <ins class="diffchange diffchange-inline">séquence</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">*Trouvez un/des programme(s) pour calculer le Poids moléculaire et le Point isoélectrique de la protéine (exemple: [http://web.expasy.org/protparam/ Protparam]) <br/></del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>Comparez les résultats que vous avez obtenus avec l’annotation de la séquence, au format GenPept.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">*Utilisez [http://smart.embl-heidelberg</del>.de<del class="diffchange diffchange-inline">/ SMART] (normal mode, à gauche) pour cherchez si elle contient des domaines connus : regardez les domaines identifiés, notez leur position.<br/></del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">Regardez maintenant l’entrée P10415 sur UniProt (lien depuis EXPASy)</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">*Avec le programme [https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?TMHMM-2.0/ TMHMM], cherchez si </del>la <del class="diffchange diffchange-inline">protéine a des domaines transmembranaires.<br/></del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">*Essayez de prédire les structures secondaires avec [https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_gor4.html GOR]ou tout autre programme de prediction de structure secondaire <br/></del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">*Testez d’autres programmes de votre choix.<br/></del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">*</del>Comparez les résultats que vous avez obtenus avec l’annotation <del class="diffchange diffchange-inline">présente dans la fiche </del>de la séquence, au format GenPept.<del class="diffchange diffchange-inline"><br/></del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">Regardez maintenant l’entrée P10415 sur UniProt </del>(<del class="diffchange diffchange-inline">lien depuis EXPASy</del>) <del class="diffchange diffchange-inline"><br/></del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">On remarque que la séquence de SwissProt était très bien annotée </ins>(<ins class="diffchange diffchange-inline">mieux que celle de RefSeq</ins>)<ins class="diffchange diffchange-inline">. D'une façon générale, la logique </ins>est <ins class="diffchange diffchange-inline">de lire </ins>les informations <ins class="diffchange diffchange-inline">fournies avant </ins>de <ins class="diffchange diffchange-inline">faire des analyses !</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">*Quelle </del>est <del class="diffchange diffchange-inline">cette séquence ? Regardez </del>les informations de <del class="diffchange diffchange-inline">types ''Features''. Que constatez-vous ?</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">*Confrontez à nouveau vos résultats avec l’annotation de cette séquence. Vous devez retrouver la même chose</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>==Exercice 3 : Synthèse d'une sonde spécifique pour hybrider une banque d'ADNc==</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>==Exercice 3 : Synthèse d'une sonde spécifique pour hybrider une banque d'ADNc==</div></td></tr>
<!-- diff generator: internal 2024-03-29 07:27:32 -->
</table>Gaulinhttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire&diff=9004&oldid=prevGaulin: /* Exercice 2 : Analyse d'une séquence protéique */2022-02-03T17:03:41Z<p><span class="autocomment">Exercice 2 : Analyse d'une séquence protéique</span></p>
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<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 17:03, 3 February 2022</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 42:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 42:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Trouvez un/des programme(s) pour calculer le Poids moléculaire et le Point isoélectrique de la protéine (exemple: [http://web.expasy.org/protparam/ Protparam]) <br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Trouvez un/des programme(s) pour calculer le Poids moléculaire et le Point isoélectrique de la protéine (exemple: [http://web.expasy.org/protparam/ Protparam]) <br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Utilisez [http://smart.embl-heidelberg.de/ SMART] (normal mode, à gauche) pour cherchez si elle contient des domaines connus : regardez les domaines identifiés, notez leur position.<br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Utilisez [http://smart.embl-heidelberg.de/ SMART] (normal mode, à gauche) pour cherchez si elle contient des domaines connus : regardez les domaines identifiés, notez leur position.<br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>*Avec le programme [<del class="diffchange diffchange-inline">hhttps</del>://services.healthtech.dtu.dk/service.php?TMHMM-2.0/ TMHMM], cherchez si la protéine a des domaines transmembranaires.<br/></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>*Avec le programme [<ins class="diffchange diffchange-inline">https</ins>://services.healthtech.dtu.dk/service.php?TMHMM-2.0/ TMHMM], cherchez si la protéine a des domaines transmembranaires.<br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Essayez de prédire les structures secondaires avec [https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_gor4.html GOR]ou tout autre programme de prediction de structure secondaire <br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Essayez de prédire les structures secondaires avec [https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_gor4.html GOR]ou tout autre programme de prediction de structure secondaire <br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Testez d’autres programmes de votre choix.<br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Testez d’autres programmes de votre choix.<br/></div></td></tr>
<!-- diff generator: internal 2024-03-29 07:27:32 -->
</table>Gaulinhttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire&diff=9003&oldid=prevGaulin: /* Exercice 2 : Analyse d'une séquence protéique */2022-02-03T17:03:18Z<p><span class="autocomment">Exercice 2 : Analyse d'une séquence protéique</span></p>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 17:03, 3 February 2022</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 42:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 42:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Trouvez un/des programme(s) pour calculer le Poids moléculaire et le Point isoélectrique de la protéine (exemple: [http://web.expasy.org/protparam/ Protparam]) <br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Trouvez un/des programme(s) pour calculer le Poids moléculaire et le Point isoélectrique de la protéine (exemple: [http://web.expasy.org/protparam/ Protparam]) <br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Utilisez [http://smart.embl-heidelberg.de/ SMART] (normal mode, à gauche) pour cherchez si elle contient des domaines connus : regardez les domaines identifiés, notez leur position.<br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Utilisez [http://smart.embl-heidelberg.de/ SMART] (normal mode, à gauche) pour cherchez si elle contient des domaines connus : regardez les domaines identifiés, notez leur position.<br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>*Avec le programme [hhttps://services.healthtech.dtu.dk/service.php?TMHMM-2.0 TMHMM], cherchez si la protéine a des domaines transmembranaires.<br/></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>*Avec le programme [hhttps://services.healthtech.dtu.dk/service.php?TMHMM-2.0<ins class="diffchange diffchange-inline">/ </ins>TMHMM], cherchez si la protéine a des domaines transmembranaires.<br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Essayez de prédire les structures secondaires avec [https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_gor4.html GOR]ou tout autre programme de prediction de structure secondaire <br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Essayez de prédire les structures secondaires avec [https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_gor4.html GOR]ou tout autre programme de prediction de structure secondaire <br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Testez d’autres programmes de votre choix.<br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Testez d’autres programmes de votre choix.<br/></div></td></tr>
<!-- diff generator: internal 2024-03-29 07:27:32 -->
</table>Gaulinhttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire&diff=9002&oldid=prevGaulin: /* Exercice 2 : Analyse d'une séquence protéique */2022-02-03T17:03:04Z<p><span class="autocomment">Exercice 2 : Analyse d'une séquence protéique</span></p>
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<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 17:03, 3 February 2022</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 42:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 42:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Trouvez un/des programme(s) pour calculer le Poids moléculaire et le Point isoélectrique de la protéine (exemple: [http://web.expasy.org/protparam/ Protparam]) <br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Trouvez un/des programme(s) pour calculer le Poids moléculaire et le Point isoélectrique de la protéine (exemple: [http://web.expasy.org/protparam/ Protparam]) <br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Utilisez [http://smart.embl-heidelberg.de/ SMART] (normal mode, à gauche) pour cherchez si elle contient des domaines connus : regardez les domaines identifiés, notez leur position.<br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Utilisez [http://smart.embl-heidelberg.de/ SMART] (normal mode, à gauche) pour cherchez si elle contient des domaines connus : regardez les domaines identifiés, notez leur position.<br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>*Avec le programme [<del class="diffchange diffchange-inline">http</del>://<del class="diffchange diffchange-inline">www</del>.<del class="diffchange diffchange-inline">cbs</del>.dtu.dk/<del class="diffchange diffchange-inline">services/</del>TMHMM-2.0<del class="diffchange diffchange-inline">/ </del>TMHMM], cherchez si la protéine a des domaines transmembranaires.<br/></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>*Avec le programme [<ins class="diffchange diffchange-inline">hhttps</ins>://<ins class="diffchange diffchange-inline">services</ins>.<ins class="diffchange diffchange-inline">healthtech</ins>.dtu.dk/<ins class="diffchange diffchange-inline">service.php?</ins>TMHMM-2.0 TMHMM], cherchez si la protéine a des domaines transmembranaires.<br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Essayez de prédire les structures secondaires avec [https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_gor4.html GOR]ou tout autre programme de prediction de structure secondaire <br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Essayez de prédire les structures secondaires avec [https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_gor4.html GOR]ou tout autre programme de prediction de structure secondaire <br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Testez d’autres programmes de votre choix.<br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Testez d’autres programmes de votre choix.<br/></div></td></tr>
<!-- diff generator: internal 2024-03-29 07:27:32 -->
</table>Gaulinhttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire&diff=9001&oldid=prevGaulin: /* Exercice 1 : Recherche dans les banques */2022-02-03T17:00:05Z<p><span class="autocomment">Exercice 1 : Recherche dans les banques</span></p>
<table style="background-color: white; color:black;">
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<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 17:00, 3 February 2022</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 24:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 24:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Recherchez les protéines codées par le gène BCL2. Combien en avez-vous ? Sélectionnez celles qui proviennent du génome humain.</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Recherchez les protéines codées par le gène BCL2. Combien en avez-vous ? Sélectionnez celles qui proviennent du génome humain.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Vérifiez que ce sont toutes des BCL2 et non des protéines associées à BCL2. Regardez quelques entrées et l’endroit dans la fiche où le nom BCL2 apparaît. </div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Vérifiez que ce sont toutes des BCL2 et non des protéines associées à BCL2. Regardez quelques entrées et l’endroit dans la fiche où le nom BCL2 apparaît. </div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>Trouvez alors une façon <del class="diffchange diffchange-inline">de raffiner </del>la requête.<br/></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>Trouvez alors une façon <ins class="diffchange diffchange-inline">d'affiner </ins>la requête.<br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Restreindre les résultats aux séquences de la banque RefSeq.<br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>*Restreindre les résultats aux séquences de la banque RefSeq.<br/></div></td></tr>
<!-- diff generator: internal 2024-03-29 07:27:32 -->
</table>Gaulinhttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire&diff=8394&oldid=prevGaulin: /* Exercice 6: Etude du gène BCL2 */2021-10-12T13:58:33Z<p><span class="autocomment">Exercice 6: Etude du gène BCL2</span></p>
<table style="background-color: white; color:black;">
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<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 13:58, 12 October 2021</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 101:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 101:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Après avoir identifié des sites de restriction compatibles entre votre insert PCR et le vecteur d'expression d'''E. coli'', un clonage sera réalisé afin d'insérer le produit PCR dans le vecteur. Après production du domaine de façon hétérologue dans ''E. coli'', la protéine recombinante purifiée sera injectée dans un lapin, afin de produire des anticorps dirigés contre le domaine BCL.</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Après avoir identifié des sites de restriction compatibles entre votre insert PCR et le vecteur d'expression d'''E. coli'', un clonage sera réalisé afin d'insérer le produit PCR dans le vecteur. Après production du domaine de façon hétérologue dans ''E. coli'', la protéine recombinante purifiée sera injectée dans un lapin, afin de produire des anticorps dirigés contre le domaine BCL.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>==Exercice 6: Etude du gène BCL2==</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>==Exercice 6 : Etude du gène BCL2==</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>En prévision d'une étude de la régulation du gène BCL2 humain, une comparaison entre l'ADNg de BCL2 et le(s) ARNm correspondants doit être réalisée.</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>En prévision d'une étude de la régulation du gène BCL2 humain, une comparaison entre l'ADNg de BCL2 et le(s) ARNm correspondants doit être réalisée.</div></td></tr>
<!-- diff generator: internal 2024-03-29 07:27:32 -->
</table>Gaulinhttp://www.m2p-bioinfo.ups-tlse.fr/site/index.php?title=Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire&diff=8393&oldid=prevGaulin: /* Exercice 5 : Définition d'amorces PCR */2021-10-12T13:58:22Z<p><span class="autocomment">Exercice 5 : Définition d'amorces PCR</span></p>
<table style="background-color: white; color:black;">
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<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 13:58, 12 October 2021</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 95:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 95:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>sens : TCCATTATAAGCTGTCGCAGA <br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>sens : TCCATTATAAGCTGTCGCAGA <br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>reverse : CAGCCAGGAGAAATCAAACAG <br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>reverse : CAGCCAGGAGAAATCAAACAG <br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>On utilisera pour cela à nouveau le programme Nucleotide BLAST au [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI], en rentrant comme séquence requête les 2 amorces, séparées par une série de N : <del class="diffchange diffchange-inline">amorce_gaucheNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNamorce_droite</del><br/></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>On utilisera pour cela à nouveau le programme Nucleotide BLAST au [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI], en rentrant comme séquence requête les 2 amorces, séparées par une série de N : <ins class="diffchange diffchange-inline">amorce_sensNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNamorce_reverse</ins><br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Choisir dans '''Database''' Genomic+transcript => Human genomic plus transcript (cochez la case exclude model XM/XP = prédictions)<br/></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Choisir dans '''Database''' Genomic+transcript => Human genomic plus transcript (cochez la case exclude model XM/XP = prédictions)<br/></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Choisir dans '''Program selection''' : "Somewhat similar sequences", et dans '''Parameters''' mettre la Expect threshold min à 1.</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Choisir dans '''Program selection''' : "Somewhat similar sequences", et dans '''Parameters''' mettre la Expect threshold min à 1.</div></td></tr>
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</table>Gaulin